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- PDB-5whk: Crystal structure of Fab fragment of antibody DX-2507 bound to Fc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5whk
タイトルCrystal structure of Fab fragment of antibody DX-2507 bound to FcRn-B2M
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • DX-2507 Fab heavy chain
  • DX-2507 Fab light chain
  • IgG receptor FcRn large subunit p51
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / neonatal receptor / Fc / antibody recycling
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / endosome membrane / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IgG receptor FcRn large subunit p51 / Β2-ミクログロブリン / IGL@ protein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Edwards, T.E. / Clifton, M.C. / Nixon, A.E. / Kenniston, J.A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for pH-insensitive inhibition of immunoglobulin G recycling by an anti-neonatal Fc receptor antibody.
著者: Kenniston, J.A. / Taylor, B.M. / Conley, G.P. / Cosic, J. / Kopacz, K.J. / Lindberg, A.P. / Comeau, S.R. / Atkins, K. / Bullen, J. / TenHoor, C. / Adelman, B.A. / Sexton, D.J. / Edwards, T.E. / Nixon, A.E.
履歴
登録2017年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DX-2507 Fab heavy chain
L: DX-2507 Fab light chain
A: IgG receptor FcRn large subunit p51
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7378
ポリマ－92,1984
非ポリマー5394
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area34870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.560, 70.450, 256.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 IgG receptor FcRn large subunit p51 / FcRn / IgG Fc fragment receptor transporter alpha chain / Neonatal Fc receptor


分子量: 32824.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P55899
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 13732.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P61769

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 DX-2507 Fab heavy chain


分子量: 22981.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6BAN1
#2: 抗体 DX-2507 Fab light chain


分子量: 22659.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NS95

-
非ポリマー , 3種, 258分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer)


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: DX-2507 Fab FcRn B2M complex at 6.6 mg/mL at 70 uM against an optimization screen against JCSG+ A7 18% PEG 8000, 0.1 M CHES pH 9.8 with seeding from an earlier crystal obtained under similar ...詳細: DX-2507 Fab FcRn B2M complex at 6.6 mg/mL at 70 uM against an optimization screen against JCSG+ A7 18% PEG 8000, 0.1 M CHES pH 9.8 with seeding from an earlier crystal obtained under similar conditions, supplemented with 20% ethylene glycol as cro-protectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.429 Å / Num. obs: 38312 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.888 % / Biso Wilson estimate: 44.85 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 16.26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.564.980.6292.4227720.8150.703100
2.56-2.644.9990.5033.0527270.8970.561100
2.64-2.714.9810.3963.8226730.9320.443100
2.71-2.84.9830.2995.0425410.950.334100
2.8-2.894.9840.2516.1825070.9660.2899.9
2.89-2.994.980.1898.0124170.9760.211100
2.99-3.14.9530.159.9423390.9860.167100
3.1-3.234.9360.11912.2122390.990.133100
3.23-3.374.9360.09115.5821850.9940.102100
3.37-3.544.9060.07119.1320860.9960.07999.9
3.54-3.734.8770.06222.3619900.9960.0799.8
3.73-3.954.8860.05425.1218430.9970.06199.6
3.95-4.234.8260.04529.2217680.9970.0599.8
4.23-4.564.7940.03933.1716480.9980.04499.9
4.56-54.7460.03733.9415370.9980.04299.7
5-5.594.7770.03833.3413780.9980.04399.6
5.59-6.454.7140.0431.612610.9970.04699.8
6.45-7.914.6630.03234.4510580.9990.03799.5
7.91-11.184.4920.02740.048510.9980.03199.8
11.18-47.4293.9670.02440.34920.9990.02795

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.10_2155)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M17, 5WHJ

3m17

5whj


解像度: 2.5→47.429 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2246 1922 5.02 %
Rwork0.1693 --
obs0.1722 38303 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.05 Å2 / Biso mean: 49.4345 Å2 / Biso min: 20.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.429 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5830 0 34 254 6118
Biso mean--51.59 47.23 -
残基数----776
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9138223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051060
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.733536
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4999-2.56240.30791160.229425702686100
2.5624-2.63170.28131090.214325552664100
2.6317-2.70910.28331320.215926062738100
2.7091-2.79660.29211440.208425232667100
2.7966-2.89650.31531470.210925462693100
2.8965-3.01250.26141320.191125692701100
3.0125-3.14950.24231210.196926092730100
3.1495-3.31550.26711350.193325862721100
3.3155-3.52320.25691480.189325872735100
3.5232-3.79510.21971530.169325592712100
3.7951-4.17690.1751260.146526332759100
4.1769-4.78080.17391430.117126202763100
4.7808-6.02130.17111390.140226662805100
6.0213-47.43760.22171770.17022752292999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4183-0.91640.24721.5608-0.07252.2051-0.1142-0.3990.79430.61390.17910.3504-1.1561-0.12650.01950.53480.26360.13060.46180.01090.398-15.22764.479846.5246
21.79260.3481-0.92792.2167-0.23243.93580.2905-0.58930.98760.43720.1607-0.109-1.22680.3638-0.31750.5385-0.01030.04870.3807-0.11240.3106-4.98717.652938.8704
32.681-0.8918-1.43332.4471-0.56253.93620.0781-0.00510.19780.15120.13820.1382-0.7652-0.3757-0.18650.32180.10080.04830.3385-0.04070.292-13.98762.421935.4154
42.4829-0.2959-2.75181.638-0.06143.097-0.31980.0664-0.07440.14520.26270.1933-0.2717-0.43990.04430.39640.15160.04680.4312-0.01790.4465-18.8894-1.192941.2958
51.7518-0.10510.1042.18930.55740.6227-0.0757-0.8041-0.61180.62330.1349-0.24990.31270.30960.01610.34220.08680.01760.4088-0.02150.3863-2.0835-3.091439.74
60.31390.4084-0.32220.60920.2352.40120.0925-0.03160.74980.3297-0.04320.6468-0.0506-0.7284-0.02820.44190.18710.21080.6405-0.04090.7119-25.82460.613853.5682
75.8904-0.45260.25152.60851.40245.02920.4551-0.5011-0.27580.3470.0584-0.1301-0.3059-0.4067-0.54210.4336-0.14820.20020.4282-0.04770.6046-18.3843-5.574574.1861
82.16440.45680.41862.240.4714.0620.3972-0.00320.51870.1892-0.1251-0.2719-0.23560.11-0.23810.4567-0.10640.26960.4764-0.09980.6472-14.3832-3.744268.4609
96.4169-0.89393.7385.5393-3.45874.10240.4443-0.70441.43880.6975-0.75560.0781-1.0420.1940.27120.6271-0.16140.23410.4865-0.16290.7926-16.82743.246174.7665
104.28221.57850.49712.107-0.51246.0099-0.2070.0165-0.631-0.25750.28120.25260.67810.37840.13460.47620.11430.09690.31310.060.5453-7.9904-24.611439.8407
111.66080.8149-0.94813.2662-1.41443.8529-0.251-0.1061-0.3144-0.116-0.0236-0.0670.47480.48150.11840.29660.11050.04830.3780.00940.3766-1.2305-15.988535.3965
120.40620.5523-0.99350.4704-0.51754.44540.0357-0.24860.00670.1664-0.30350.14840.50.31940.2560.4077-0.03390.14490.4204-0.03370.4292-13.7602-17.076358.945
132.14440.6199-0.45213.373-0.69843.97970.0339-0.18440.2093-0.1912-0.0013-0.03490.5416-0.2656-0.02250.5687-0.20170.21910.5-0.09920.4968-23.2-19.623373.0012
142.90260.17590.06083.1363-0.15473.0002-0.09930.2138-0.0376-0.76720.2082-0.29170.18750.1662-0.13270.3682-0.03660.06150.2959-0.01590.25418.382-1.76043.3293
151.99780.4479-1.3423.1117-0.80932.1535-0.0888-0.02690.1257-0.1315-0.0502-0.1804-0.04010.16550.09490.257-0.0032-0.00460.2874-0.02540.25539.73822.913613.359
163.39010.47745.0130.62931.59198.9956-0.00210.6160.3759-0.07540.4523-0.1867-0.41220.9159-0.08710.4611-0.14770.13960.43240.07220.439210.323913.8794-3.3803
174.001-1.06560.12852.7359-0.19953.5105-0.01980.1703-0.088-0.4798-0.06840.36020.4107-0.33470.14040.4866-0.0369-0.07830.2993-0.03150.3436-16.4685.4832-17.0141
181.3565-0.5452-0.30261.7088-0.67572.7921-0.05740.11260.1582-0.1265-0.20570.0577-0.7864-0.95760.19780.25850.00980.00430.2901-0.07040.3277-9.755-7.1212-1.8674
191.3067-0.3176-0.44681.50950.02264.3740.11840.330.1656-0.7361-0.080.0825-0.40230.56050.00430.65860.0356-0.00110.39390.0050.3105-4.5809-7.0133-15.7224
200.47190.97921.1052.86942.99293.3560.1367-0.1026-0.16050.4501-0.15940.01991.16390.00340.17180.48610.0479-0.01520.3504-0.07810.3916-4.6283-17.6123-6.0413
210.95781.37681.33131.64441.30478.5611-0.0215-0.049-0.1112-0.4819-0.1713-0.0697-0.43310.33160.08490.34680.0349-0.03620.3311-0.02540.327-1.383-9.0406-8.2294
222.27041.1162-0.48662.6590.99477.19640.01260.0490.0779-0.1292-0.0440.19650.6118-0.50480.0130.35070.0357-0.0830.3122-0.06270.3508-12.0654-14.488-7.897
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 17 )H1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 18 through 33 )H18 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 34 through 83 )H34 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 84 through 98 )H84 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 99 through 109 )H99 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 110 through 122 )H110 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 123 through 148 )H123 - 148
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 149 through 206 )H149 - 206
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 207 through 217 )H207 - 217
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 1 through 23 )L1 - 23
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 24 through 77 )L24 - 77
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 78 through 154 )L78 - 154
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 155 through 212 )L155 - 212
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 4 through 39 )A4 - 39
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 40 through 156 )A40 - 156
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 157 through 180 )A157 - 180
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 181 through 270 )A181 - 270
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 1 through 11 )B1 - 11
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 12 through 30 )B12 - 30
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 31 through 46 )B31 - 46
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 47 through 77 )B47 - 77
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 78 through 99 )B78 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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