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- PDB-5wb9: Crystal structure of CD4 binding site antibody N60P23 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wb9
タイトルCrystal structure of CD4 binding site antibody N60P23 in complex with HIV-1 clade A/E strain 93TH057 gp120 core
要素
  • N60P23 Fab heavy chain
  • N60P23 Fab light chain
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / CD4 binding site / gp120 core
機能・相同性Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / 抗体 / エンベロープ (ウイルス) / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gohain, N. / Tolbert, W. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Identification of Near-Pan-neutralizing Antibodies against HIV-1 by Deconvolution of Plasma Humoral Responses.
著者: Sajadi, M.M. / Dashti, A. / Rikhtegaran Tehrani, Z. / Tolbert, W.D. / Seaman, M.S. / Ouyang, X. / Gohain, N. / Pazgier, M. / Kim, D. / Cavet, G. / Yared, J. / Redfield, R.R. / Lewis, G.K. / DeVico, A.L.
履歴
登録2017年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
H: N60P23 Fab heavy chain
L: N60P23 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,84313
ポリマ－86,7463
非ポリマー2,09710
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area34140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)127.562, 68.567, 119.356
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 N60P23 Fab heavy chain


分子量: 24573.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 N60P23 Fab light chain


分子量: 23011.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 G

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 39160.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 224分子

#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS / MOPS (緩衝剤)


分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M MOPS pH 7.5, ).1M Magnesium acetate hexahydrate
PH範囲: 6.5-7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月6日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 38617 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.38→2.43 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NGB

3ngb


解像度: 2.4→37.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 20.788 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.401 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25763 1881 5 %RANDOM
Rwork0.21347 ---
obs0.21574 35668 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å2-0 Å2-0.03 Å2
2---0.76 Å2-0 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→37.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5893 0 133 222 6248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0196194
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9371.9628423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.097312935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.875756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.05524.672259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.851151005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5971526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9342.0113044
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9352.0113043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6113.0093792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6113.0093793
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3532.2243150
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3522.2243150
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3573.2944632
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.88639.62226339
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.87639.57126285
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.465 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 130 -
Rwork0.349 2588 -
obs--98.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1611-0.26820.80053.0097-0.11773.4037-0.1531-0.14330.04620.4816-0.05320.2936-0.365-0.39110.20620.27210.02650.1240.26-0.04310.106-4.1802-2.000346.3519
21.6224-1.0365-1.97481.63311.73272.7107-0.1059-0.0529-0.15770.134-0.03020.03110.19160.12760.13610.07710.04310.01680.20880.00440.035220.746-24.539214.2733
31.0063-0.9164-0.2773.26091.43911.8060.11010.0267-0.31570.0217-0.21150.25850.1738-0.10030.10140.0479-0.007-0.02510.19810.02920.111211.6138-20.99350.1719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G45 - 492
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3L7 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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