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万見
- PDB-5w3d: The structure of kinesin-14 wild-type Ncd-ADP dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w3d
タイトルThe structure of kinesin-14 wild-type Ncd-ADP dimer
要素Protein claret segregational
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / NCD / MICROTUBULE (微小管) / MOTOR (機関 (機械)) / KINESIN (キネシン) / CELL CYCLE (細胞周期)
機能・相同性
機能・相同性情報


minus-end directed microtubule sliding / distributive segregation / regulation of mitotic spindle elongation / meiotic spindle assembly / mitotic spindle elongation / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / spindle assembly involved in female meiosis / minus-end-directed microtubule motor activity / regulation of mitotic spindle assembly ...minus-end directed microtubule sliding / distributive segregation / regulation of mitotic spindle elongation / meiotic spindle assembly / mitotic spindle elongation / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / spindle assembly involved in female meiosis / minus-end-directed microtubule motor activity / regulation of mitotic spindle assembly / microtubule bundle formation / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / spindle organization / mitotic spindle assembly / mRNA transport / mitotic spindle organization / chromosome segregation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / spindle / microtubule binding / hydrolase activity / 細胞分裂 / 中心体 / protein homodimerization activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Kinesin motor domain / キネシン / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily ...Kinesin motor domain / キネシン / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein claret segregational
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Park, H.W. / Ma, Z. / Chacko, J. / Jiang, S.M. / Robinson, R.C. / Endow, S.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis of small molecule ATPase inhibition of a human mitotic kinesin motor protein.
著者: Park, H.W. / Ma, Z. / Zhu, H. / Jiang, S. / Robinson, R.C. / Endow, S.A.
履歴
登録2017年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein claret segregational
B: Protein claret segregational
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4236
ポリマ－93,5202
非ポリマー9034
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area33840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.271, 67.249, 94.421
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein claret segregational / Non-claret disjunctional


分子量: 46759.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ncd, CA(ND), CG7831 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P20480
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 50 mM sodium phosphate, 7 mM dithiothreitol, 10 mM magnesium chloride, 700 mM sodium chloride, 13% PEG8000 (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.789→93.521 Å / Num. all: 25309 / Num. obs: 25309 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.8 % / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.091 / Net I/av σ(I): 6.2 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 146928
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.79-2.945.80.5331.52016534920.240.5860.5332.794.7
2.94-3.126.10.372.12105334780.1630.4050.37499.9
3.12-3.3360.2413.11992933020.1060.2630.241699.9
3.33-3.660.1514.91837830690.0670.1660.1519.399.9
3.6-3.945.90.171665328300.0440.1090.113.399.9
3.94-4.415.70.088.61474525700.0360.0880.0817.299.9
4.41-5.095.60.0699.71267822750.0320.0760.06920.3100
5.09-6.245.50.0719.11072319360.0320.0780.07117.699.9
6.24-8.825.40.05910817615030.0260.0650.05920.999.9
8.82-46.7615.20.04513.544288540.020.050.04528.699

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N6M

1n6m


解像度: 2.79→46.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.956 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2802 1288 5.1 %RANDOM
Rwork0.2353 ---
obs0.2376 24019 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.19 Å2 / Biso mean: 80.678 Å2 / Biso min: 40.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4 Å20 Å24.56 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----5.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5292 0 56 0 5348
Biso mean--86.52 --
残基数----667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195434
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.977344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.609311704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8515654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.43824.411263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.92915965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3471538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021253
LS精密化 シェル解像度: 2.789→2.862 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 86 -
Rwork0.312 1577 -
all-1663 -
obs--89.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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