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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vze | |||||||||||||||
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タイトル | Post-catalytic complex of human Polymerase Mu (W434A) mutant with incoming UTP | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / Family X DNA polymerase / nonhomologous end-joining / DNA double strand break repair / ribonucleotide incorporation / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.506 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Moon, A.F. / Pryor, J.M. / Ramsden, D.A. / Kunkel, T.A. / Bebenek, K. / Pedersen, L.C. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: Structural accommodation of ribonucleotide incorporation by the DNA repair enzyme polymerase Mu. 著者: Moon, A.F. / Pryor, J.M. / Ramsden, D.A. / Kunkel, T.A. / Bebenek, K. / Pedersen, L.C. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vze.cif.gz | 186 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vze.ent.gz | 139.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vze.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/5vze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/5vze | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5twpC 5twqC 5twrC 5twsC 5vz7C 5vz8C 5vz9C 5vzaC 5vzbC 5vzcC 5vzdC 5vzfC 5vzgC 5vzhC 5vziC 4m04S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 TD
#2: DNA鎖 | 分子量: 2740.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 2分子 AP
#1: タンパク質 | 分子量: 39729.027 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 134-494 変異: W434A, deletion of Pro398-Pro410 replaced with Gly410 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNAポリメラーゼ |
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#3: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 1496.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 7種, 366分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 化合物 | ChemComp-CL / | #8: 化合物 | ChemComp-UTP / | #9: 化合物 | ChemComp-GOA / | #10: 化合物 | ChemComp-EDO / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 90mM HEPES pH 7.5, 18% PEG4K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月13日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si(220) sagittal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 71233 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.031 / Rsym value: 0.073 / Χ2: 0.919 / Net I/σ(I): 20.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique obs: 2961 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.26 / Rsym value: 0.516 / Χ2: 0.75 / % possible all: 81.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4M04 解像度: 1.506→32.913 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 18.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.506→32.913 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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