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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vki | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of P[19] rotavirus VP8* complexed with mucin core 2 | |||||||||
要素 | Outer capsid protein VP4 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / complex / P[19]VP8* / mucin core 2 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human rotavirus A (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu, S. / Liu, Y. / Woodruff, A. / Zhong, W. / Jiang, X. / Kennedy, M.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017 タイトル: Structural basis of glycan specificity of P[19] VP8*: Implications for rotavirus zoonosis and evolution. 著者: Liu, Y. / Xu, S. / Woodruff, A.L. / Xia, M. / Tan, M. / Kennedy, M.A. / Jiang, X. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vki.cif.gz | 87.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vki.ent.gz | 62.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vki.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/5vki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/5vki | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 64 - 223 / Label seq-ID: 1 - 160
NCS oper:
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 18166.168 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 64-223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human rotavirus A (ウイルス) / 遺伝子: VP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7YCM0 #2: 多糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 208分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.83 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 1.0 M lithium sulfate monohydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→32.55 Å / Num. all: 52865 / Num. obs: 52865 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.195 / Rsym value: 0.182 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 401407 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5GJ6 解像度: 1.9→32.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 4.335 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.63 Å2 / Biso mean: 26.892 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→32.55 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | 数: 1281 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 0.97 Å / Weight position: 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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