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Yorodumi- PDB-5ve3: Crystal structure of wild-type persulfide dioxygenase-rhodanese f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ve3 | |||||||||
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Title | Crystal structure of wild-type persulfide dioxygenase-rhodanese fusion protein from Burkholderia phytofirmans | |||||||||
Components | BpPRF | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE / persulfide dioxygenase / rhodanese | |||||||||
Function / homology | Function and homology information sulfur dioxygenase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Paraburkholderia phytofirmans (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.793 Å | |||||||||
Authors | Motl, N. / Skiba, M.A. / Smith, J.L. / Banerjee, R. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017 Title: Structural and biochemical analyses indicate that a bacterial persulfide dioxygenase-rhodanese fusion protein functions in sulfur assimilation. Authors: Motl, N. / Skiba, M.A. / Kabil, O. / Smith, J.L. / Banerjee, R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ve3.cif.gz | 301.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ve3.ent.gz | 242.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ve3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/5ve3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/5ve3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5ve4C 5ve5C 3tp9S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41294.816 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paraburkholderia phytofirmans (strain DSM 17436 / LMG 22146 / PsJN) (bacteria) Strain: DSM 17436 / LMG 22146 / PsJN / Gene: Bphyt_4191 / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: B2TEQ2, persulfide dioxygenase, thiosulfate sulfurtransferase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.2 M zinc acetate, 0.1 M MES, pH 6.0, 10% PEG8000, 5 mM thiosulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.033 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 6, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal cryo-cooled Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.79→43.598 Å / Num. obs: 78090 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 12.386 % / Biso Wilson estimate: 28.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 1.132 / Net I/σ(I): 14.55 / Num. measured all: 967249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3TP9 Resolution: 1.793→43.598 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 125.21 Å2 / Biso mean: 38.2323 Å2 / Biso min: 18.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.793→43.598 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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