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- PDB-5vau: Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vau
タイトルBcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain
要素
  • Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
  • Beclin-1BECN1
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / Bcl-2 (Bcl-2) / autophagy (オートファジー) / Beclin 1
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to aluminum ion / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of stress granule assembly / melanin metabolic process ...cellular response to aluminum ion / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of stress granule assembly / melanin metabolic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / positive regulation of melanocyte differentiation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / myeloid cell apoptotic process / osteoblast proliferation / cochlear nucleus development / response to mitochondrial depolarisation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of neuron maturation / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of osteoblast proliferation / negative regulation of lysosome organization / gland morphogenesis / renal system process / engulfment of apoptotic cell / positive regulation of autophagosome assembly / negative regulation of autophagosome assembly / regulation of cell-matrix adhesion / T cell apoptotic process / stem cell development / receptor catabolic process / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / melanocyte differentiation / ear development / lymphoid progenitor cell differentiation / suppression by virus of host autophagy / protein targeting to lysosome / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / early endosome to late endosome transport / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / regulation of nitrogen utilization / cellular response to nitrogen starvation / late endosome to vacuole transport / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / glomerulus development / B cell apoptotic process / SMAD protein signal transduction / negative regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / oocyte development / positive regulation of multicellular organism growth / neuron maturation / metanephros development / regulation of viral genome replication / negative regulation of motor neuron apoptotic process / focal adhesion assembly / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of ossification / negative regulation of programmed cell death / response to iron(II) ion / response to UV-B / response to iron ion / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / negative regulation of mitochondrial depolarization / motor neuron apoptotic process / channel activity / RSV-host interactions / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / smooth muscle cell migration / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / organ growth / mitotic metaphase chromosome alignment / digestive tract morphogenesis / : / branching involved in ureteric bud morphogenesis / オートファジー / hair follicle morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / lysosome organization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / B cell lineage commitment / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of smooth muscle cell migration / B cell proliferation / pore complex
類似検索 - 分子機能
Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX ...Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator Bcl-2 / Beclin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.754 Å
データ登録者Lee, E.F. / Smith, B.J. / Yao, S. / Fairlie, W.D.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1049949 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT150100212 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain
著者: Lee, E.F. / Smith, B.J. / Yao, S.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
B: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
C: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
D: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
E: Beclin-1
G: Beclin-1
F: Beclin-1
H: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3888
ポリマ－89,3888
非ポリマー00
水5,585310
1
A: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
E: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3472
ポリマ－22,3472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8530 Å2
手法PISA
2
B: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
F: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3472
ポリマ－22,3472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
3
C: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
G: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3472
ポリマ－22,3472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7870 Å2
手法PISA
4
D: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
H: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3472
ポリマ－22,3472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.498, 53.337, 91.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera


分子量: 19501.686 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2, BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10415
#2: タンパク質・ペプチド
Beclin-1 / BECN1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein / Protein GT197


分子量: 2845.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14457
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-tris chloride, pH 5.5, ).2M ammonium acetate, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.754→50 Å / Num. obs: 78954 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 17.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XA0

2xa0


解像度: 1.754→34.323 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 3947 5 %
Rwork0.1867 --
obs0.1882 78946 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.754→34.323 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5219 0 0 310 5529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075762
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9837836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.472081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041807
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051033
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7536-1.77490.30151380.26712619X-RAY DIFFRACTION96
1.7749-1.79740.29621390.26052657X-RAY DIFFRACTION100
1.7974-1.82110.29531390.26362639X-RAY DIFFRACTION100
1.8211-1.8460.29651400.23592652X-RAY DIFFRACTION100
1.846-1.87240.29251400.24682666X-RAY DIFFRACTION100
1.8724-1.90030.24541420.24812696X-RAY DIFFRACTION100
1.9003-1.930.26151390.22872643X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.96170.28041410.2192666X-RAY DIFFRACTION100
1.9617-1.99550.24531390.21092655X-RAY DIFFRACTION100
1.9955-2.03180.2341410.20842674X-RAY DIFFRACTION100
2.0318-2.07080.23411410.19352672X-RAY DIFFRACTION100
2.0708-2.11310.23161390.19392651X-RAY DIFFRACTION100
2.1131-2.1590.1921410.18462680X-RAY DIFFRACTION100
2.159-2.20930.22581420.17772684X-RAY DIFFRACTION100
2.2093-2.26450.23321400.17552659X-RAY DIFFRACTION100
2.2645-2.32570.23041410.18412685X-RAY DIFFRACTION100
2.3257-2.39410.2171420.18512693X-RAY DIFFRACTION100
2.3941-2.47140.20571400.18752668X-RAY DIFFRACTION100
2.4714-2.55970.22361410.19032673X-RAY DIFFRACTION100
2.5597-2.66210.23011420.18872707X-RAY DIFFRACTION100
2.6621-2.78320.22761410.18962668X-RAY DIFFRACTION100
2.7832-2.92990.24761410.19192695X-RAY DIFFRACTION100
2.9299-3.11340.24581420.19592683X-RAY DIFFRACTION100
3.1134-3.35360.22131420.18032703X-RAY DIFFRACTION100
3.3536-3.69070.18321420.1662703X-RAY DIFFRACTION100
3.6907-4.22390.18011430.15582708X-RAY DIFFRACTION100
4.2239-5.31850.14921440.15322747X-RAY DIFFRACTION100
5.3185-34.32930.18961450.19052753X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.8108 Å / Origin y: 7.4711 Å / Origin z: 22.1904 Å
111213212223313233
T0.1804 Å2-0.0076 Å20.0208 Å2-0.1217 Å20.0026 Å2--0.1855 Å2
L0.2687 °20.0376 °20.0907 °2-0.0205 °20.0599 °2--0.1914 °2
S-0.0184 Å °0.0518 Å °0.0047 Å °-0.0162 Å °-0.0038 Å °-0.0135 Å °0.0041 Å °0.0257 Å °0.0215 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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