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- PDB-5v2o: De Novo Design of Novel Covalent Constrained Meso-size Peptide Sc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v2o
タイトルDe Novo Design of Novel Covalent Constrained Meso-size Peptide Scaffolds with Unique Tertiary Structures
要素TP2
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / De Novo Design / Covalent core / constrained mess-size peptide
機能・相同性1,3,5-BENZENETRICARBOXYLIC ACID
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Dang, B. / Wu, H. / Mulligan, V.K. / Mravic, M. / Wu, Y. / Lemmin, T. / Ford, A. / Silva, D. / Baker, D. / DeGrado, W.F.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: De novo design of covalently constrained mesosize protein scaffolds with unique tertiary structures.
著者: Dang, B. / Wu, H. / Mulligan, V.K. / Mravic, M. / Wu, Y. / Lemmin, T. / Ford, A. / Silva, D.A. / Baker, D. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2017年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TP2
B: TP2
C: TP2
D: TP2
E: TP2
F: TP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,00826
ポリマ－37,1406
非ポリマー3,86820
水6,431357
1
A: TP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9114
ポリマ－6,1901
非ポリマー7213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9114
ポリマ－6,1901
非ポリマー7213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0035
ポリマ－6,1901
非ポリマー8134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: TP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0035
ポリマ－6,1901
非ポリマー8134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: TP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5884
ポリマ－6,1901
非ポリマー3983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: TP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5924
ポリマ－6,1901
非ポリマー4023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.770, 55.340, 58.040
Angle α, β, γ (deg.)89.79, 108.15, 109.52
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
TP2


分子量: 6190.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: De novo designed molecule / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 377分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 414.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-TMM / 1,3,5-BENZENETRICARBOXYLIC ACID / 1,3,5-ベンゼントリカルボン酸 / Benzenetricarboxylic acid


分子量: 210.140 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6O6
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 2.0 M ((NH4)2SO4 , 5 %w/v PEG 400,Protein: 10mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.82648 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→54.81 Å / Num. obs: 127440 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSversion 0.58データ削減
XSCALEVersion 10/15/2015データスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.2→54.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.363 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17848 6236 5.1 %RANDOM
Rwork0.14401 ---
obs0.14583 114886 95.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.247 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20.21 Å20.19 Å2
2---0.18 Å20.4 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.2→54.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2574 0 201 357 3132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0192902
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9012.0483871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.80426.61118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.9315495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2851520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2020.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.3711.5841496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.2082.3991889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0932.0371406
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.47124.3714547
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.84232902
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.4515224
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded21.11853028
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 429 -
Rwork0.271 8429 -
obs--93.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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