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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v0d | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human exonuclease 1 Exo1 (WT) in complex with 5' flap DNA (f2II) | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / exonuclease (エキソヌクレアーゼ) / endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / HYDROLASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / flap endonuclease activity / t-circle formation / 5'-flap endonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / クラススイッチ / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) ...double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / flap endonuclease activity / t-circle formation / 5'-flap endonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / クラススイッチ / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / DNAミスマッチ修復 / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / meiotic cell cycle / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Processing of DNA double-strand break ends / DNA recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nuclear body / DNA修復 / chromatin binding / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å | |||||||||
データ登録者 | Shi, Y. / Beese, L.S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Interplay of catalysis, fidelity, threading, and processivity in the exo- and endonucleolytic reactions of human exonuclease I. 著者: Shi, Y. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5v0d.cif.gz | 189.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5v0d.ent.gz | 148.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5v0d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5uzvC 5v04C 5v05C 5v06C 5v07C 5v08C 5v09C 5v0aC 5v0bC 5v0cC 5v0eC 3qeaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*G)- ... , 2種, 2分子 BE
#3: DNA鎖 | 分子量: 2755.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 861.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 ZA
#1: タンパク質 | 分子量: 40354.762 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-352 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXO1, EXOI, HEX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UQ84, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3926.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 73分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 7.0, 10 mM potassium chloride, 2-4% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月18日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.63→50 Å / Num. obs: 27368 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.73 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 16.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.63→2.79 Å / 冗長度: 4.72 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 4490 / CC1/2: 0.82 / Rrim(I) all: 0.661 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3QEA 解像度: 2.63→33.98 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.67
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.63→33.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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