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- PDB-5uwj: Crystal Structure of FMRP NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uwj
タイトルCrystal Structure of FMRP NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1
要素
  • Exportin-1カリオフェリン
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
  • Synaptic functional regulator FMR1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / HEAT repeat (HEATリピート) / NES / nuclear export (核外搬出シグナル) / Karyopherin (カリオフェリン)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / positive regulation of intracellular transport of viral material / modulation by host of viral RNA genome replication / regulation of neuronal action potential / growth cone filopodium / poly(G) binding / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / negative regulation of long-term synaptic depression / neuronal ribonucleoprotein granule ...regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / positive regulation of intracellular transport of viral material / modulation by host of viral RNA genome replication / regulation of neuronal action potential / growth cone filopodium / poly(G) binding / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / negative regulation of long-term synaptic depression / neuronal ribonucleoprotein granule / animal organ development / positive regulation of mitotic centrosome separation / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / dendritic filopodium / RNA strand annealing activity / chromocenter / regulation of dendritic spine development / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / MAPK6/MAPK4 signaling / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / regulation of neurotransmitter secretion / filopodium tip / RNA nuclear export complex / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / cellular response to mineralocorticoid stimulus / regulation of filopodium assembly / manchette / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / non-membrane-bounded organelle assembly / SUMOylation of SUMOylation proteins / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / importin-alpha family protein binding / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / poly(A) binding / siRNA binding / SUMOylation of RNA binding proteins / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / spindle pole body / protein localization to kinetochore / protein localization to nucleolus / glutamate receptor signaling pathway / U4 snRNA binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / sequence-specific mRNA binding / 核外搬出シグナル / Nuclear import of Rev protein / GTP metabolic process / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / poly(U) RNA binding / RNA export from nucleus / tRNA processing in the nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of filopodium assembly / nuclear import signal receptor activity / dynein intermediate chain binding / DNA metabolic process / NLS-bearing protein import into nucleus / dynein complex binding / positive regulation of dendritic spine development / dendritic spine neck / intracellular non-membrane-bounded organelle / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mitotic sister chromatid segregation / glial cell projection / positive regulation of receptor internalization / chromosome, centromeric region / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / sperm flagellum / mRNA transport / U5 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / translation regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / U2 snRNA binding / カハール体 / U6 snRNA binding / mRNA export from nucleus / axon terminus / signaling adaptor activity / stress granule assembly / 核膜孔 / RNA stem-loop binding / translation repressor activity / U1 snRNA binding / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / regulation of mRNA stability / methylated histone binding / 中心小体 / protein export from nucleus / viral process
類似検索 - 分子機能
Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / : / : / : / : / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain ...Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / : / : / : / : / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain / Fragile X-related 1 protein core C terminal / FMRP KH0 domain / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, Tudor domain / Agenet-like domain profile. / Agenet-like domain / Agenet domain / Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, C-terminal / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / CRM1 C terminal / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / small GTPase Ran family profile. / Ran (タンパク質) / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / GTP-binding nuclear protein Ran / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.221 Å
データ登録者Fung, H.Y.J. / Chook, Y.M.
資金援助 米国, 香港, 7件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)International Student Research Fellowship 米国
Croucher FoundationPredoc Research Scholarship 香港
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069909 米国
Welch FoundationI-1532 米国
Leukemia & Lymphoma SocietyScholar Award 米国
University of Texas Southwestern Medical CenterEndowed Scholars Program 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP120352, RP150053 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Nuclear export receptor CRM1 recognizes diverse conformations in nuclear export signals.
著者: Fung, H.Y. / Fu, S.C. / Chook, Y.M.
履歴
登録2017年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
D: Synaptic functional regulator FMR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,4819
ポリマ－162,6584
非ポリマー8235
水10,341574
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10870 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area58040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.493, 106.493, 303.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 26758.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16521.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / プラスミド: pGEX-4T3-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / カリオフェリン / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 117458.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / プラスミド: pGEX-4T3-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド Synaptic functional regulator FMR1


分子量: 1919.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q06787*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 579分子

#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 17% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.4, 200 mM ammonium nitrate, 10 mM spermine-HCl, 4 mM HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 86622 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.22→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4266 / CC1/2: 0.669 / Rpim(I) all: 0.408 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HB2

4hb2


解像度: 2.221→47.625 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 1852 2.15 %
Rwork0.1803 --
obs0.181 86185 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.221→47.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10890 0 18 574 11482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63115304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3176868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041947
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2212-2.28130.28241350.24176084X-RAY DIFFRACTION95
2.2813-2.34840.3031400.22786353X-RAY DIFFRACTION99
2.3484-2.42420.24381420.21916472X-RAY DIFFRACTION100
2.4242-2.51090.28741420.20876446X-RAY DIFFRACTION100
2.5109-2.61140.2341420.19476459X-RAY DIFFRACTION100
2.6114-2.73020.20561420.19126476X-RAY DIFFRACTION100
2.7302-2.87420.25491430.19066485X-RAY DIFFRACTION100
2.8742-3.05420.25681410.19566487X-RAY DIFFRACTION100
3.0542-3.290.20821430.18666514X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.62090.23361410.18026535X-RAY DIFFRACTION99
3.6209-4.14460.19151440.15836558X-RAY DIFFRACTION99
4.1446-5.22080.15591460.14096622X-RAY DIFFRACTION99
5.2208-47.6360.1791510.17526842X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0486-0.6037-0.08413.4114-0.59482.90530.10140.4095-0.0952-0.43360.0669-0.5029-0.27870.3268-0.14390.1881-0.05490.08670.3395-0.11450.34577.522945.760229.5672
22.9643-2.5043-0.78277.46631.38953.10790.20480.17860.1189-0.07130.1222-1.009-0.59130.6925-0.34780.262-0.11550.04850.4035-0.12590.468611.802753.036337.9831
34.7271-1.07541.08581.5227-0.49419.08790.05530.3287-0.7085-0.2979-0.0932-0.36090.73780.23480.03110.19830.01850.02210.328-0.13380.586611.231532.509234.8891
43.0569-0.1532-0.61041.9676-0.70951.53520.05360.1925-0.01230.22240.1169-0.4326-0.020.4497-0.07460.1313-0.0043-0.02170.2134-0.09170.31894.642.637739.5754
52.0985-1.890.35914.2455-3.02956.860.07710.1178-0.2631-0.2201-0.0225-0.25360.52510.101-0.08390.1220.0138-0.00170.197-0.07850.2979-1.532534.1438.6317
63.8411-0.52840.04454.8889-0.37185.2572-0.3712-0.52480.01880.55010.1277-0.2494-0.24910.02060.25040.1680.0185-0.01370.199-0.07290.31891.564943.469543.8452
71.72160.3327-1.03523.1134-1.25363.98490.03770.25180.0866-0.40460.03590.17880.1261-0.3777-0.07930.17940.0301-0.05940.2722-0.06140.2327-8.169345.426634.1289
80.98880.8701-1.18231.64-1.46681.75290.07880.23890.4210.1280.32670.0386-1.06310.6523-0.36250.525-0.21780.03570.4652-0.09160.38476.89262.566237.7801
97.49316.4093-0.7746.0645-1.05970.34750.2881-0.12480.5013-0.56830.7639-1.259-0.64940.9981-0.91720.7789-0.27580.26371.3374-0.43770.774919.369463.01794.6886
106.3475-1.1291-2.67142.02930.45145.3279-0.4515-0.1374-0.03250.06570.59880.56470.27830.0632-0.1370.4851-0.09590.1590.3721-0.09040.6562-0.633356.377311.2969
110.13050.1044-0.05060.27370.79263.58660.08520.03380.3212-0.00230.42560.0493-0.63760.542-0.52811.1024-0.18760.08010.7640.06260.75892.146282.395651.0307
124.9715-1.05160.39159.12971.9514.12190.07240.03060.00250.09180.0877-0.15-0.39860.6183-0.18360.3703-0.15790.11280.40350.02820.28436.999563.147517.3553
130.90070.49360.02931.1942-0.14010.0588-0.08280.0730.1211-0.01290.04220.073-1.05660.72060.11890.735-0.30330.16560.465-0.02070.45767.443171.33519.4699
144.4563.48870.0434.72530.94960.5884-0.21410.26680.2182-0.43950.28540.1379-0.9310.6869-0.01450.6872-0.26550.12570.5126-0.0210.39187.825871.288913.7305
151.6154-0.0622-0.0442.25210.48761.3779-0.1164-0.1359-0.05220.61020.2831-0.81270.38130.3872-0.03630.22830.1386-0.25190.3402-0.08870.566410.03224.832152.8369
161.3003-0.92420.82811.5809-0.96853.14240.0033-0.00880.05340.06140.0748-0.0048-0.1968-0.3036-0.07770.20510.00970.02670.2881-0.06390.163-25.498452.698549.3108
171.9345-0.0954-0.32152.13760.41562.79360.16050.00460.2862-0.2050.0858-0.0263-0.8632-0.527-0.21260.53060.22290.09130.45750.11060.2587-33.342762.71619.8052
181.5154-1.12410.08091.9032-0.15291.21450.01610.1294-0.0938-0.09940.10390.0378-0.0732-0.0003-0.11920.2299-0.00710.04050.3168-0.03850.1701-15.812239.68430.7768
191.4961-0.73210.99871.5404-0.96543.09460.1610.0633-0.3648-0.22260.03680.32710.3105-0.0868-0.13250.20040.00340.00040.2182-0.06080.3567-6.924610.519920.5545
202.05112.9399-3.84939.1959-3.13538.38930.3258-0.33611.2452-0.40140.21381.152-0.9821-0.5293-0.52051.33370.40320.24960.73810.01340.7186-38.893776.329328.171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 44 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 66 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 80 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 81 through 91 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 92 through 111 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 112 through 122 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 123 through 158 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 159 through 190 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 191 through 205 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 206 through 216 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 63 through 82 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 83 through 106 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 107 through 154 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 155 through 200 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid -1 through 245 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 246 through 569 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 570 through 692 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 693 through 897 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 898 through 1053 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 427 through 437 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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