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- PDB-5di9: Crystal Structure of hRio2 NES Reverse Mutant Peptide in complex ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5di9 | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of hRio2 NES Reverse Mutant Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 | |||||||||||||||||||||
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Function / homology | ![]() positive regulation of mitotic centrosome separation / MAPK6/MAPK4 signaling / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA nuclear export complex / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / cellular response to mineralocorticoid stimulus / manchette ...positive regulation of mitotic centrosome separation / MAPK6/MAPK4 signaling / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA nuclear export complex / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / cellular response to mineralocorticoid stimulus / manchette / SUMOylation of SUMOylation proteins / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding / SUMOylation of RNA binding proteins / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Fung, H.Y. / Chook, Y.M. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural determinants of nuclear export signal orientation in binding to exportin CRM1. Authors: Fung, H.Y. / Fu, S.C. / Brautigam, C.A. / Chook, Y.M. | |||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 577.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 466.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5dh9C ![]() 5dhaC ![]() 5dhfC ![]() 5difC ![]() 4hb2S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 26758.564 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 16521.867 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RanDB1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / Plasmid: pGex4T3 / Production host: ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein | ![]() Mass: 117458.781 Da / Num. of mol.: 1 Mutation: V441D,D536G,T539C,V540E,K541Q,Y1022C, delta 377-413 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / Plasmid: pGex4T3 / Production host: ![]() ![]() ![]() |
-Protein/peptide , 1 types, 1 molecules D
#4: Protein/peptide | Mass: 2442.496 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Nuclear Export Signal Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Engineered mutant sequence of CPEPB4 NES / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 366 molecules ![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-GNP / ![]() | ||||||
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#6: Chemical | ChemComp-MG / | ||||||
#7: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #8: Chemical | ChemComp-ZN / | #9: Chemical | ChemComp-CL / | ![]() #10: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.67 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 Details: 17% PEG3350, 100mM Bis-Tris pH6.4, 200mM NH4NO3, 10mM Spermine HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 20, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.28→50 Å / Num. obs: 127043 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 28.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.899 / Net I/av σ(I): 22.5 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 557247 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4HB2 Resolution: 2.28→37.721 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.44 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 155.93 Å2 / Biso mean: 43.9482 Å2 / Biso min: 14.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.28→37.721 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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