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万見
- PDB-5uop: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROTOTYPE FOAMY VIRUS INTASOME WITH A 2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uop
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE PROTOTYPE FOAMY VIRUS INTASOME WITH A 2- PYRIDINONE AMINAL INHIBITOR (COMPOUND 18)
要素
  • (NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA ...) x 2
  • INTEGRASEインテグラーゼ
キーワードTRANSFERASE/DNA/INHIBITOR / DNA INTEGRATION / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / RECOMBINATION-INHIBITOR-DNA COMPLEX / TRANSFERASE-DNA-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / 宿主 / virion component / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / 宿主 / virion component / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA recombination / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / タンパク質分解 / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Endonuclease III; domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix non-globular / Special / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8G4 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human spumaretrovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Klein, D.J.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Discovery and optimization of 2-pyridinone aminal integrase strand transfer inhibitors for the treatment of HIV.
著者: Schreier, J.D. / Embrey, M.W. / Raheem, I.T. / Barbe, G. / Campeau, L.C. / Dubost, D. / McCabe Dunn, J. / Grobler, J. / Hartingh, T.J. / Hazuda, D.J. / Klein, D. / Miller, M.D. / Moore, K.P. ...著者: Schreier, J.D. / Embrey, M.W. / Raheem, I.T. / Barbe, G. / Campeau, L.C. / Dubost, D. / McCabe Dunn, J. / Grobler, J. / Hartingh, T.J. / Hazuda, D.J. / Klein, D. / Miller, M.D. / Moore, K.P. / Nguyen, N. / Pajkovic, N. / Powell, D.A. / Rada, V. / Sanders, J.M. / Sisko, J. / Steele, T.G. / Wai, J. / Walji, A. / Xu, M. / Coleman, P.J.
履歴
登録2017年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
C: NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)
D: NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,39817
ポリマ－99,9444
非ポリマー1,45413
水3,243180
1
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
C: NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)
D: NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)
ヘテロ分子

A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
C: NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)
D: NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,79534
ポリマ－199,8878
非ポリマー2,90826
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area29150 Å2
ΔGint-292 kcal/mol
Surface area55460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.818, 158.818, 123.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 INTEGRASE / インテグラーゼ / Pr125Pol


分子量: 44456.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human spumaretrovirus (ウイルス) / 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14350, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA ... , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)


分子量: 5834.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Human spumaretrovirus (ウイルス)
#3: DNA鎖 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)


分子量: 5195.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Human spumaretrovirus (ウイルス)

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非ポリマー , 6種, 193分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-8G4 / (1S,2S,5R)-8'-[(3-chloro-4-fluorophenyl)methyl]-2'-[2-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)ethyl]-6'-hydroxy-9',10'-dihydro-2'H-spiro[bicyclo[3.1.0]hexane-2,3'-imidazo[5,1-a][2,6]naphthyridine]-1',5',7'(8'H)-trione


分子量: 566.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H24ClFN4O6
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.25 M AMMONIUM SULFATE, 25% (V/V)GLYCEROL, 4.8% (V/V) 1,6-HEXANEDIOL, 50 MM MES-NAOH, 1MM EDTA, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.846→159 Å / Num. obs: 37741 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 94.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.85→2.86 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 1.619 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化解像度: 2.85→36.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.308 / SU Rfree Blow DPI: 0.218 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.217
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1876 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.184 37490 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 78.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1572 Å20 Å20 Å2
2---0.1572 Å20 Å2
3---0.3144 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→36.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4332 732 89 180 5333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015355HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.117467HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1682SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes707HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it5355HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion702SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6220SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.93 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 165 5.78 %
Rwork0.232 2689 -
all0.235 2854 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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