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- PDB-5u5q: 12 Subunit RNA Polymerase II at Room Temperature collected using SFX -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5u5q | ||||||
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Title | 12 Subunit RNA Polymerase II at Room Temperature collected using SFX | ||||||
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Function / homology | ![]() RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription ...RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / : / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bushnell, D.A. / Oberthur, D. / Mariani, V. / Yefanov, O. / Tolstikova, A. / Barty, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Double-flow focused liquid injector for efficient serial femtosecond crystallography. Authors: Oberthuer, D. / Knoska, J. / Wiedorn, M.O. / Beyerlein, K.R. / Bushnell, D.A. / Kovaleva, E.G. / Heymann, M. / Gumprecht, L. / Kirian, R.A. / Barty, A. / Mariani, V. / Tolstikova, A. / ...Authors: Oberthuer, D. / Knoska, J. / Wiedorn, M.O. / Beyerlein, K.R. / Bushnell, D.A. / Kovaleva, E.G. / Heymann, M. / Gumprecht, L. / Kirian, R.A. / Barty, A. / Mariani, V. / Tolstikova, A. / Adriano, L. / Awel, S. / Barthelmess, M. / Dorner, K. / Xavier, P.L. / Yefanov, O. / James, D.R. / Nelson, G. / Wang, D. / Calvey, G. / Chen, Y. / Schmidt, A. / Szczepek, M. / Frielingsdorf, S. / Lenz, O. / Snell, E. / Robinson, P.J. / Sarler, B. / Belsak, G. / Macek, M. / Wilde, F. / Aquila, A. / Boutet, S. / Liang, M. / Hunter, M.S. / Scheerer, P. / Lipscomb, J.D. / Weierstall, U. / Kornberg, R.D. / Spence, J.C. / Pollack, L. / Chapman, H.N. / Bajt, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | Assembly confirmed by gel filtration |
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Components
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7 types, 7 molecules ABCDGIK
#1: Protein | ![]() Mass: 191821.578 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P04050, ![]() |
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#2: Protein | ![]() Mass: 138937.297 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P08518, ![]() |
#3: Protein | ![]() Mass: 35330.457 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P16370 |
#4: Protein | ![]() Mass: 25451.191 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P20433 |
#7: Protein | ![]() Mass: 19081.053 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P34087 |
#9: Protein | ![]() Mass: 14308.161 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P27999 |
#11: Protein | ![]() Mass: 13633.493 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P38902 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5 types, 5 molecules EFHJL
#5: Protein | ![]() Mass: 25117.094 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P20434 |
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#6: Protein | ![]() Mass: 17931.834 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P20435 |
#8: Protein | ![]() Mass: 16525.363 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P20436 |
#10: Protein | ![]() Mass: 8290.732 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P22139 |
#12: Protein | ![]() Mass: 7729.969 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P40422 |
-Non-polymers , 2 types, 9 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#13: Chemical | ChemComp-ZN / #14: Chemical | ChemComp-MG / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.2 Å3/Da / Density % sol: 80.18 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289.65 K / Method: microdialysis / pH: 6.3 Details: 21-22% PEG 400, 5% PEG 5%, 100 mM Ammonium Phosphate pH 6.3, 100 mM NaCl, 1 mM ZnCl2 and 10 mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293.15 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: CS-PAD CXI-2 / Detector: PIXEL / Date: May 26, 2015 Details: 90 150 nm2 FWHM (V H) with Kirkpatrick-Baez mirrors |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 3.8→40.611 Å / Num. obs: 123899 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 54.9 % / Biso Wilson estimate: 140.9 Å2 / Net I/σ(I): 2.41 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.8→40.611 Å / SU ML: 0.75 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 32.45
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.8→40.611 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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