PDB-5u5n: The dimeric crystal structure of HTPA Reductase from Sellaginella...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u5n

タイトル

The dimeric crystal structure of HTPA Reductase from Sellaginella moellendorffii

要素

HTPA Reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DHDPR /

Dihydrodipicolinate reductase (ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ) / HTPA reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate /

葉緑体 /

NADPH binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Keown, J.R. / Goldstone, D.C. / Pearce, F.G.

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Plant DHDPR forms a dimer with unique secondary structure features that preclude higher-order assembly.
著者: Watkin, S.A.J. / Keown, J.R. / Richards, E. / Goldstone, D.C. / Devenish, S.R.A. / Grant Pearce, F.

履歴

登録	2016年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u5n.cif.gz	228.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u5n.ent.gz	181.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u5n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u5n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u5iSC 5ua0C 5ugjC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ovg-d 1umw-d 4n2q-1 1pdu-d 2ffj-2 6g1z-2 2j3i-d 3ma6-d 5wxl-d 6gc9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTPA Reductase

B: HTPA Reductase

ヘテロ分子

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.358, 61.746, 151.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 11 - 286 / Label seq-ID: 2 - 277

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	HTPA Reductase 分子量: 30290.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ) 遺伝子: SELMODRAFT_168311 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8R6G2
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 25% PEG 3350, 0.1 M BTP pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→61.75 Å / Num. obs: 32251 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.215 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.221 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 595927 / Scaling rejects: 1154

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.1-2.16	13.1	2.078	33743	2583	0.496	0.594	2.164	1.4	99.6
8.91-61.75	16.6	0.054	8462	510	0.999	0.013	0.055	35.8	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5U5I

5u5i

解像度: 2.1→61.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / WR_factor R_free: 0.2413 / WR_factor R_work: 0.1941 / FOM work R set: 0.6957 / SU B: 20.101 / SU ML: 0.247 / SU R Cruickshank DPI: 0.282 / SU R_free: 0.2261 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2779	1646	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2246	-	-	-
obs	0.2274	30538	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.59 Å² / B_iso mean: 41.225 Å² / B_iso min: 22.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→61.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4181	0	89	144	4414
B_iso mean	-	-	43.59	39.18	-
残基数	-	-	-	-	556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	4359
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4088
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.683	1.992	5922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.983	3	9464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.869	5	558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.211	24.483	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.048	15	722
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.848	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	689
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4852
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	854

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16486 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	107	-
R_work	0.343	2206	-
all	-	2313	-
obs	-	-	99.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1232	-1.7302	-2.1485	2.8775	1.5224	5.6904	-0.001	-0.0165	-0.2294	0.0549	-0.0612	0.1377	0.1278	-0.0763	0.0622	0.3871	-0.0267	0.0197	0.1482	0.0136	0.0198	-4.0289	-11.0077	25.231
2	10.2383	0.1345	-1.6002	3.0892	1.2504	3.9494	-0.0301	-1.0416	-0.3327	0.4968	0.0228	-0.0045	0.1289	0.3246	0.0073	0.5719	0.0362	0.0022	0.332	0.0593	0.0551	-2.1727	-11.6375	34.977
3	7.0525	-0.3582	-2.545	1.2898	-1.0903	2.1185	-0.0176	-0.4815	0.9177	0.7123	0.086	-0.297	-0.5921	0.1078	-0.0684	0.6344	0.0478	-0.0843	0.2304	-0.1015	0.1876	2.1082	0.2902	28.5187
4	2.9543	-2.5737	-1.9093	8.1115	0.5946	4.3058	0.2857	0.1269	1.4252	0.4699	-0.1259	-0.7722	-0.7063	-0.0802	-0.1597	0.5865	0.0154	0.0682	0.1204	0.0456	0.9754	4.4836	5.9573	22.0288
5	2.8951	2.8135	-2.266	12.1261	-9.1877	9.0245	-0.1833	-0.4011	0.1476	0.0529	0.0486	-0.1241	-0.7511	0.0875	0.1347	0.4292	0.0219	-0.0248	0.3194	-0.0248	0.057	-2.1356	4.6066	2.3974
6	3.6602	1.0617	-2.1689	3.0644	-1.1552	3.1542	0.0087	-0.5523	-0.0517	0.2527	-0.1929	0.1567	-0.8336	0.0742	0.1842	0.7598	0.0444	-0.0281	0.2501	-0.0431	0.0368	-12.89	11.9785	0.595
7	3.5783	2.9497	-2.9999	8.9106	-5.3892	17.9379	-0.0454	-0.1752	-0.0039	-0.0373	0.0695	-0.1383	-0.2433	0.4305	-0.0241	0.36	-0.0125	-0.0045	0.2292	-0.0796	0.2674	-7.197	14.1981	0.9675
8	1.4186	-0.5606	2.3777	1.9106	-0.7857	4.0052	-0.1183	-0.2357	0.0132	-0.0776	0.0887	0.1052	-0.2631	-0.3803	0.0296	0.5448	0.0265	0.0369	0.2414	-0.0043	0.0114	-8.9476	1.5032	6.7686
9	6.7774	0.6215	-1.3617	8.3459	-0.6185	4.9479	0.1621	0.2297	0.2929	0.3523	0.0806	0.3245	-0.0961	0.0238	-0.2427	0.4577	0.0574	-0.0172	0.1611	0.007	0.0326	-5.3317	15.0088	-35.1084
10	7.5724	3.5804	3.569	3.436	1.0725	1.9838	-0.0681	0.9776	-0.0031	-0.5404	0.1624	0.0693	0.1143	0.4181	-0.0943	0.597	0.1098	-0.0102	0.4785	0.0558	0.0983	-2.6596	14.915	-44.8302
11	5.038	1.295	2.5344	7.3794	0.3372	3.1509	0.2733	0.1402	-0.7615	-0.1611	-0.2055	-0.7754	0.2235	0.3755	-0.0677	0.4487	0.0034	-0.0509	0.2123	0.0124	0.2193	6.3362	4.9646	-32.5185
12	6.1988	-4.7387	6.4627	8.6581	-9.6946	12.8367	-0.316	-0.0055	0.122	0.7408	-0.0524	-0.1756	-0.583	0.3691	0.3683	0.5645	-0.1027	-0.0741	0.1864	-0.0032	0.1113	-2.1992	4.3439	-12.1894
13	6.9513	-0.4475	3.5188	2.4944	-0.384	4.0154	-0.1138	0.6869	-0.2036	-0.5382	0.0307	0.3582	-0.0209	0.7629	0.0831	0.5129	-0.0468	-0.0152	0.1908	-0.0089	0.1141	-7.6652	-6.7253	-10.2471
14	5.944	-2.4867	4.0773	3.9184	-1.593	5.1564	0.0757	0.3383	-0.6329	-0.3448	0.0869	0.5371	-0.0976	0.1299	-0.1626	0.4549	-0.0437	-0.0001	0.1317	-0.0362	0.1292	-13.4878	-5.8838	-15.1815
15	1.7002	0.6482	-2.1435	1.9978	-2.3337	4.3542	0.1019	-0.2343	-0.0626	0.1663	-0.2044	-0.0369	-0.5849	0.374	0.1026	0.7337	-0.0677	-0.07	0.1682	-0.0112	0.0174	-1.3823	8.1425	-16.3756
16	6.4657	10.4844	4.0627	17.0108	6.6002	2.5687	-0.5549	-0.145	1.1014	-0.9683	-0.1808	1.8172	-0.4334	-0.0316	0.7358	1.1531	-0.1411	-0.2547	0.6335	0.0576	0.3508	1.119	18.6549	-16.3382

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	84 - 110
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	111 - 137
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	138 - 154
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	155 - 178
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	179 - 194
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	195 - 288
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	11 - 49
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	50 - 82
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	83 - 136
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	137 - 152
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	153 - 178
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	179 - 230
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	231 - 282
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	283 - 287

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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