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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u4z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of citrus MAF1 in space group P 31 2 1 | ||||||
要素 | Repressor of RNA polymerase III transcription | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / repressor of RNA polymerase III | ||||||
機能・相同性 | Repressor of RNA polymerase III transcription Maf1 / Repressor of RNA polymerase III transcription Maf1 superfamily / Maf1 regulator / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / 細胞核 / Repressor of RNA polymerase III transcription 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Citrus sinensis (オレンジ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Soprano, A.S. / Giuseppe, P.O. / Nascimento, A.F.Z. / Benedetti, C.E. / Murakami, M.T. | ||||||
資金援助 | ブラジル, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of citrus MAF1 in space group P 31 2 1 著者: Soprano, A.S. / Giuseppe, P.O. / Nascimento, A.F.Z. / Benedetti, C.E. / Murakami, M.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u4z.cif.gz | 86.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u4z.ent.gz | 67.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u4z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u4z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31098.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: MAF1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9I821 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.76 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 1 M ammonium di-hydrogen phosphate, 0.1 M Tris-sodium pH 5.6, 10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.85→47.086 Å / Num. obs: 35279 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 69.534 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Rrim(I) all: 0.225 / Χ2: 1.468 / Net I/σ(I): 10.94 / Num. measured all: 372748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.2009 / WRfactor Rwork: 0.1655 / FOM work R set: 0.7799 / SU B: 14.493 / SU ML: 0.258 / SU R Cruickshank DPI: 0.4087 / SU Rfree: 0.2769 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 153.12 Å2 / Biso mean: 81.165 Å2 / Biso min: 50.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.85→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→2.922 Å / Total num. of bins used: 20
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