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Yorodumi- PDB-5u4s: Crystal structure of a Short chain dehydrogenase from Burkholderi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5u4s | ||||||
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Title | Crystal structure of a Short chain dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia J2315 in complex with NADP. | ||||||
Components | Putative short chain dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / dehydrogenase / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / BENZOIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Putative short chain dehydrogenase Function and homology information | ||||||
Biological species | Burkholderia cenocepacia (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of a Short chain dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia J2315 in complex with NADP Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5u4s.cif.gz | 197.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5u4s.ent.gz | 157.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5u4s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u4s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26023.188 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (bacteria) Strain: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 Gene: BCAM2128 / Plasmid: BuceA.00010.y.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B4EFS5 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: RigakuReagents JCSG+ screen C6: 40% PEG 300, 100mM Sodium phosphate dibasic / citric acid pH 4.20: BuceA.00010.g.B1.PS01748 at 23.45mg/ml + 5mM NADP: cryo: direct: tray 285429c6, puck izz8-4. ...Details: RigakuReagents JCSG+ screen C6: 40% PEG 300, 100mM Sodium phosphate dibasic / citric acid pH 4.20: BuceA.00010.g.B1.PS01748 at 23.45mg/ml + 5mM NADP: cryo: direct: tray 285429c6, puck izz8-4. For phasing a crystal from the same condition was incubated in reservoir with 10% 5M NaI in EG, with a final concentrations of 10% EG and 500mM NaI, for 30sec and flash frozen. Phasing data were collected at CuKa |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.4→50 Å / Num. obs: 86241 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.734 % / Biso Wilson estimate: 12.61 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.91 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.4→50 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 15.82
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 88.9 Å2 / Biso mean: 19.6795 Å2 / Biso min: 6.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.4→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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