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- PDB-5tmg: Optimization of 3,5-Disubstitued Piperidine: Discovery of Non-Pep... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tmg | ||||||
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Title | Optimization of 3,5-Disubstitued Piperidine: Discovery of Non-Peptide mimetics as an Orally Active Renin Inhibitor | ||||||
![]() | Renin![]() | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Snell, G.P. / Behnke, C.A. / Okada, K. / Hideyuki, O. / Sang, B.C. / Lane, W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Optimization of 3,5-Disubstitued Piperidine: Discovery of Non-Peptide mimetics as an Orally Active Renin Inhibitor Authors: Tokuhara, H. / Imaeda, Y. / Fukase, Y. / Iwanaga, K. / Taya, N. / Watanabe, K. / Kanagawa, R. / Matsuda, K. / Kajimoto, Y. / Kusumoto, K. / Kondo, M. / Snell, G.P. / Behnke, C.A. / Kuroita, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 272.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 224.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules AB![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: Protein | ![]() Mass: 36939.594 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 70-406 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Sugar | ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 263 molecules ![](data/chem/img/7EK.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ![]() #5: Chemical | ChemComp-PEG / | ![]() #6: Chemical | ![]() #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.26 % / Mosaicity: 0.469 ° |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.9 / Details: 23% PEG600, 0.06M citrate, 0.04M citric acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 29, 2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→50.01 Å / Num. obs: 46684 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/av σ(I): 20.438 / Net I/σ(I): 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.29 Å2 / Biso mean: 47.448 Å2 / Biso min: 24.91 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→50.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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