[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5tkp: Crystal structure of FBP aldolase from Toxoplasma gondii, equilib... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tkp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of FBP aldolase from Toxoplasma gondii, equilibrium Schiff base FBP complex | ||||||
Components | Fructose-bisphosphate aldolase | ||||||
Keywords | LYASE / TIM BARREL / ALDOLASE / GLYCOLYSIS / SUBSTRATE / INTERMEDIATE / COVALENT / SCHIFF BASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Toxoplasma gondii (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.09 Å | ||||||
Authors | Heron, P.W. / Sygusch, J. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017 Title: Isomer activation controls stereospecificity of class I fructose-1,6-bisphosphate aldolases. Authors: Heron, P.W. / Sygusch, J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tkp.cif.gz | 203.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5tkp.ent.gz | 171.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tkp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tkp | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 39146.816 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Toxoplasma gondii (eukaryote) / Gene: ald-1 / Plasmid: pE-SUMO-AMP / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-Star (DE3) / References: UniProt: Q8I8I2, fructose-bisphosphate aldolase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-P6F / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.97 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1M Sodium Acetate, 0.2M Lithium Sulfate, 3.5% PEG 8000, 10% PEG 1000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 27, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.09→50 Å / Num. obs: 19184 / % possible obs: 95.1 % / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 30.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 0.881 / Net I/av σ(I): 19.846 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 154302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.09→50 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.81
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 103.79 Å2 / Biso mean: 39.2937 Å2 / Biso min: 17.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.09→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|