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Yorodumi- PDB-5tkl: Crystal structure of FBP aldolase from Toxoplasma gondii, condens... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tkl | ||||||
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Title | Crystal structure of FBP aldolase from Toxoplasma gondii, condensation intermediate | ||||||
Components | Fructose-bisphosphate aldolase | ||||||
Keywords | LYASE / TIM BARREL / ALDOLASE / GLYCOLYSIS / SUBSTRATE / INTERMEDIATE / ENAMINE / COVALENT / SCHIFF BASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Toxoplasma gondii (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.751 Å | ||||||
Authors | Heron, P.W. / Sygusch, J. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017 Title: Isomer activation controls stereospecificity of class I fructose-1,6-bisphosphate aldolases. Authors: Heron, P.W. / Sygusch, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tkl.cif.gz | 210.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tkl.ent.gz | 178.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tkl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tkl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39146.816 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Toxoplasma gondii (eukaryote) / Gene: ald-1 / Plasmid: pE-SUMO-AMP / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-Star (DE3) / References: UniProt: Q8I8I2, fructose-bisphosphate aldolase |
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#2: Chemical | ChemComp-P6F / |
#3: Chemical | ChemComp-13P / |
#4: Chemical | ChemComp-G3H / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1M Sodium Acetate, 0.2M Lithium Sulfate, 3.5% PEG 8000, 10% PEG 1000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 31, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. obs: 34234 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 23.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 1.031 / Net I/av σ(I): 37.521 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 427202 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.751→49.129 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.27 Å2 / Biso mean: 32.9261 Å2 / Biso min: 12.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.751→49.129 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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