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Yorodumi- PDB-5tkf: Neurospora crassa polysaccharide monooxygenase 2 high mannosylation -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tkf | |||||||||
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Title | Neurospora crassa polysaccharide monooxygenase 2 high mannosylation | |||||||||
Components | Lytic polysaccharide monooxygenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / polysaccharide monooxygenase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information monooxygenase activity / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Neurospora crassa (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | O'Dell, W.B. / Meilleur, F. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2017 Title: Crystallization of a fungal lytic polysaccharide monooxygenase expressed from glycoengineered Pichia pastoris for X-ray and neutron diffraction. Authors: O'Dell, W.B. / Swartz, P.D. / Weiss, K.L. / Meilleur, F. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tkf.cif.gz | 512.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tkf.ent.gz | 434.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tkf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tkf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tkf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4eirS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 23299.104 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neurospora crassa (fungus) / Gene: G15G9.090, GE21DRAFT_7469 / Plasmid: pPICZalphaA / Production host: Pichia pastoris (fungus) / Strain (production host): X-33 / References: UniProt: Q8WZQ2 |
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-Sugars , 4 types, 4 molecules
#2: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#4: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#7: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 3 types, 1014 molecules
#5: Chemical | ChemComp-CU / #6: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.2 / Details: PEG 3350, HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→47.97 Å / Num. obs: 52135 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 15.99 Å2 / CC1/2: 0.957 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 102821 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / CC1/2: 0.726 / % possible all: 96.1 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4EIR Resolution: 2.1→40.308 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.67 / Phase error: 16.9
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.94 Å2 / Biso mean: 22.1173 Å2 / Biso min: 3.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→40.308 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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