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- PDB-5te6: Crystal Structure of Broadly Neutralizing VRC01-class Antibody N6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5te6
タイトルCrystal Structure of Broadly Neutralizing VRC01-class Antibody N6 in Complex with HIV-1 Clade AE Strain 93TH057 gp120 Core
要素
  • Heavy chain of N6
  • Light chain of N6
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV-1 / VRC01-class Antibody / N6 / CD4-binding site / gp120 (Gp120 (HIV))
機能・相同性
機能・相同性情報


エンベロープ (ウイルス)
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhou, T. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Identification of a CD4-Binding-Site Antibody to HIV that Evolved Near-Pan Neutralization Breadth.
著者: Huang, J. / Kang, B.H. / Ishida, E. / Zhou, T. / Griesman, T. / Sheng, Z. / Wu, F. / Doria-Rose, N.A. / Zhang, B. / McKee, K. / O'Dell, S. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / ...著者: Huang, J. / Kang, B.H. / Ishida, E. / Zhou, T. / Griesman, T. / Sheng, Z. / Wu, F. / Doria-Rose, N.A. / Zhang, B. / McKee, K. / O'Dell, S. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / Schramm, C.A. / Zheng, A. / Joyce, M.G. / Asokan, M. / Ransier, A. / Darko, S. / Migueles, S.A. / Bailer, R.T. / Louder, M.K. / Alam, S.M. / Parks, R. / Kelsoe, G. / Von Holle, T. / Haynes, B.F. / Douek, D.C. / Hirsch, V. / Seaman, M.S. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. / Connors, M.
履歴
登録2016年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22016年11月30日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
H: Heavy chain of N6
L: Light chain of N6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,23615
ポリマ－86,5643
非ポリマー2,67212
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.692, 65.822, 238.012
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Heavy chain of N6


分子量: 24188.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of N6


分子量: 23164.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 G

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 39211.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 92分子

#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10 % w/v PEG 3350, 2 % (v/v) isopropanol, 0.1 M CaCl2, 0.1 M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 41099 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 50.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 1.604 / Net I/av σ(I): 16.453 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 190962
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.443.60.79417410.7140.4340.910.72984.3
2.44-2.493.80.78818540.7220.4280.9010.73890
2.49-2.533.90.6819670.7860.3710.7790.7692.9
2.53-2.594.10.61719840.8320.3330.7040.78395.8
2.59-2.644.20.56620070.8330.3030.6450.7995.8
2.64-2.74.40.48220140.8750.2540.5460.8598
2.7-2.774.40.42120840.9090.2210.4770.87697.8
2.77-2.854.50.36320540.9260.190.4110.9698.7
2.85-2.934.60.31220450.9510.1630.3531.04598.6
2.93-3.024.60.25821120.9640.1340.2911.17599.1
3.02-3.134.70.21320780.9720.1090.241.35199.4
3.13-3.264.80.18120630.9780.0910.2031.599.5
3.26-3.414.90.15420950.9760.0780.1731.68499.5
3.41-3.5850.13721170.9820.0670.1532.03899.4
3.58-3.815.10.12921130.9820.0620.1442.26699.5
3.81-4.15.20.11621290.9880.0550.1292.47999.2
4.1-4.525.30.09621070.9890.0450.1062.56699.2
4.52-5.175.30.08721420.9920.040.0962.18498.6
5.17-6.515.30.08621620.9910.040.0952.16198.5
6.51-504.90.10222310.9850.050.1142.86695.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→44.14 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2782 1953 4.91 %
Rwork0.2269 37833 -
obs0.2294 39786 97.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 210.88 Å2 / Biso mean: 79.2473 Å2 / Biso min: 29.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→44.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5987 0 330 91 6408
Biso mean--82.08 51.27 -
残基数----774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5438610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045987
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5973752
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.460.38291300.34462435256590
2.46-2.52650.34081340.33542569270394
2.5265-2.60090.37441250.32362616274196
2.6009-2.68480.40171320.32132665279798
2.6848-2.78070.39141470.31272681282899
2.7807-2.89210.36781380.29712700283899
2.8921-3.02370.36521340.28952700283499
3.0237-3.1830.31461470.28192750289799
3.183-3.38240.3381430.263827422885100
3.3824-3.64340.27971430.23212756289999
3.6434-4.00990.21741400.2152756289699
4.0099-4.58960.23581460.17242783292999
4.5896-5.78030.21941460.16972797294399
5.7803-44.14780.24251480.19022883303197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34020.3904-0.66671.41810.93.6055-0.0173-0.1669-0.3798-0.1567-0.1292-0.05260.1-0.31810.17510.64310.0531-0.02790.20920.02790.5171-13.971-0.7576-53.3856
24.3124.3952-0.35466.8630.57150.66740.130.0025-0.27910.2863-0.1777-0.5308-0.1205-0.14110.05660.92880.05280.01410.2498-0.06270.51871.829414.1805-62.9988
31.53080.8319-0.41766.0502-0.22042.4384-0.0298-0.4502-0.20710.058-0.23280.45920.5332-0.61610.2160.6288-0.07290.00030.389-0.02020.5782-21.23021.1424-48.0587
42.8948-0.48940.20143.58791.51765.95-0.1031-0.1086-0.4451-0.0306-0.17680.38130.3852-0.61670.26790.4769-0.03250.00390.366-0.10630.5204-22.947315.6898-45.0843
52.84520.7462-0.79521.05940.12583.598-0.15590.11580.2776-0.1505-0.10470.3203-0.451-0.55240.20020.68360.1611-0.09610.3304-0.08850.6335-18.533127.0051-54.1177
64.66711.34230.90141.22761.12471.3645-0.0278-0.70361.0434-0.37810.0050.1658-0.3009-0.3470.13580.86020.0868-0.18490.30760.05830.7648-16.706431.378-56.8893
74.69150.0818-1.35220.5502-0.35254.2781-0.1729-0.40630.1522-0.1979-0.09740.015-0.2614-0.10560.16690.64550.0629-0.06830.1326-0.08120.5918-12.200323.4432-51.5311
87.70864.13-0.45179.00510.64965.4878-0.1872-0.49440.22440.30080.02680.0695-0.2569-0.11420.13050.49850.06920.05080.3419-0.04270.3584-15.61934.441-46.0283
94.79621.33960.38723.11780.12353.9978-0.1188-0.5507-0.053-0.1475-0.179-0.02740.03340.23770.25420.48560.1063-0.02360.37720.0190.31331.489627.1785-31.7858
101.4650.38870.37832.30282.62165.04840.0004-0.57480.1810.0267-0.0280.1062-0.05870.2059-0.01190.41040.0292-0.02020.5377-0.02610.39824.331832.2825-23.7288
111.56490.2452.12062.3197-1.18473.8350.0888-0.49360.11770.1157-0.1394-0.07870.28490.9770.10940.59490.06770.00061.7604-0.29560.58719.766841.072-3.905
123.83660.90851.874.18040.02296.07840.0806-1.0317-0.28420.1948-0.4484-0.17890.2293-0.42310.34070.5279-0.09440.0660.79690.1530.5122-5.710413.4945-14.6618
134.9293-3.49974.5967.5328-5.07274.981-0.040.7202-0.01180.4576-0.8154-0.24750.06730.98330.89670.6487-0.03930.1271.07040.09160.5218-2.405417.4824-14.0231
141.00660.06020.13281.8850.93271.6586-0.0542-1.2595-0.02410.10310.316-0.15680.1529-0.0127-0.13580.64510.0174-0.04672.0149-0.18380.47356.904537.69064.4117
150.8003-0.59220.07266.543-1.76713.6421-0.2208-0.79750.33080.27140.3222-0.2038-0.6812-0.4147-0.06780.57790.0164-0.04841.9105-0.37450.65576.483147.845310.8081
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 44 through 115 )G44 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 116 through 215 )G116 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 216 through 258 )G216 - 258
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 259 through 291 )G259 - 291
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resid 292 through 391 )G292 - 391
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resid 392 through 425 )G392 - 425
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 426 through 470 )G426 - 470
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'G' and (resid 471 through 492 )G471 - 492
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 1 through 59 )H1 - 59
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 60 through 137 )H60 - 137
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 138 through 215 )H138 - 215
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 1 through 75 )L1 - 75
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 76 through 102 )L76 - 102
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 103 through 174 )L103 - 174
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 175 through 214 )L175 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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