PDB-5te4: Crystal Structure of Broadly Neutralizing VRC01-class Antibody N6...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5te4

タイトル

Crystal Structure of Broadly Neutralizing VRC01-class Antibody N6 in Complex with HIV-1 Clade G Strain X2088 gp120 Core

要素

HIV-1 clade G strain X2088 gp120
Heavy chain of antibody N6
Light chain of antibody N6

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

HIV-1 / VRC01-class Antibody / N6 / CD4-binding site /

gp120 (Gp120 (HIV))

機能・相同性

機能・相同性情報

virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 /

viral protein processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Zhou, T. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Identification of a CD4-Binding-Site Antibody to HIV that Evolved Near-Pan Neutralization Breadth.
著者: Huang, J. / Kang, B.H. / Ishida, E. / Zhou, T. / Griesman, T. / Sheng, Z. / Wu, F. / Doria-Rose, N.A. / Zhang, B. / McKee, K. / O'Dell, S. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / ...

履歴

登録	2016年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月30日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5te4.cif.gz	328 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5te4.ent.gz	272.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5te4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5te4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5te4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5te6C 5te7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5te6-d 5te7-d 4om1-d 4lst-d 4om0-d 3se9-d 4j6r-d 3se8-d 4ydk-d 4s1s-d 4olz-d 4olw-d 4xvt-d 4s1r-d 3u7y-d 4s1q-d 4xvs-d 6mft-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (6)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (6)

登録構造単位

G: HIV-1 clade G strain X2088 gp120

H: Heavy chain of antibody N6

L: Light chain of antibody N6

ヘテロ分子

91.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.764, 72.227, 218.123
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体	Heavy chain of antibody N6 分子量: 24188.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Light chain of antibody N6 分子量: 23164.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 13分子 G

#1: タンパク質

HIV-1 clade G strain X2088 gp120

分子量: 40188.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Extended core portion of HIV-1 gp120
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: X2088 / 遺伝子: gp120 / プラスミド: pVRC8400 / Cell (発現宿主): 293 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C6ZIH2*PLUS

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 35分子

#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#7: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 6 % PEG3350, 20% MPD, 0.1 M Immidazole, pH 6.5 and 0.2 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 25646 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 76.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.103 / Χ²: 2.104 / Net I/av σ(I): 21.707 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 137618

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
2.75-2.8	2.1	0.851	741	0.141	0.603	0.727	50.9
2.8-2.85	2.4	0.688	842	0.598	0.429	0.663	60.1	0.82
2.85-2.9	2.7	0.658	1001	0.516	0.401	0.702	69.4	0.78
2.9-2.96	3.2	0.497	1073	0.745	0.281	0.83	74.3	0.578
2.96-3.03	3.6	0.409	1096	0.889	0.217	0.719	75.4	0.468
3.03-3.1	3.9	0.386	1117	0.84	0.197	0.865	77.9	0.437
3.1-3.17	4.3	0.345	1169	0.856	0.178	0.956	80.7	0.392
3.17-3.26	4.6	0.264	1211	0.956	0.126	0.991	85.2	0.294
3.26-3.36	4.9	0.26	1278	0.952	0.123	1.08	86.9	0.29
3.36-3.46	5.1	0.224	1343	0.973	0.104	1.236	93.1	0.248
3.46-3.59	5.4	0.182	1391	0.986	0.082	1.441	96.1	0.2
3.59-3.73	5.9	0.172	1442	0.988	0.074	1.533	98.6	0.188
3.73-3.9	6.4	0.17	1452	0.991	0.071	1.713	100	0.184
3.9-4.11	6.7	0.141	1457	0.993	0.058	2	99.7	0.153
4.11-4.36	6.8	0.12	1465	0.994	0.049	2.472	100	0.13
4.36-4.7	6.7	0.1	1465	0.995	0.041	2.953	99.8	0.108
4.7-5.17	6.8	0.09	1497	0.996	0.037	3.277	99.8	0.098
5.17-5.92	6.9	0.085	1484	0.995	0.035	3.189	100	0.092
5.92-7.46	6.8	0.073	1528	0.997	0.03	2.957	100	0.079
7.46-50	6.2	0.054	1594	0.997	0.023	3.334	98.2	0.059

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→40.185 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2672	1221	4.99 %
R_work	0.2081	23225	-
obs	0.2111	24446	89.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 227.18 Å² / B_iso mean: 101.1528 Å² / B_iso min: 46.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→40.185 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6020	0	222	25	6267
B_iso mean	-	-	127.61	69.69	-
残基数	-	-	-	-	775

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6405
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.559	8742
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1004
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1106
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.922	3774

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7502-2.8603	0.4679	88	0.3794	1727	1815	61
2.8603-2.9904	0.3861	110	0.3215	2102	2212	74
2.9904-3.148	0.3385	121	0.3008	2290	2411	80
3.148-3.3451	0.3879	135	0.2836	2553	2688	89
3.3451-3.6033	0.3144	147	0.2305	2803	2950	97
3.6033-3.9656	0.2917	150	0.2062	2850	3000	100
3.9656-4.5387	0.2144	153	0.1731	2898	3051	100
4.5387-5.7157	0.2141	154	0.1724	2938	3092	100
5.7157-40.1889	0.2575	163	0.1952	3064	3227	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5703	-2.7235	0.0792	7.2578	4.1415	3.7794	0.4201	0.5934	-0.4953	-0.4077	-0.6347	-0.0188	0.1927	0.4033	0.0025	1.4617	0.1504	-0.0029	0.9608	0.2523	0.7737	9.4761	-37.5144	53.3507
2	4.5805	-1.5163	-1.5449	4.1252	-1.2465	2.6739	0.1384	0.2714	-0.6548	-0.2016	-0.5046	-0.2453	0.7028	0.5508	0.2621	1.258	0.175	-0.057	0.8846	0.045	0.6476	11.5132	-30.8458	46.1023
3	4.3726	0.4175	-0.2468	4.0529	-0.773	5.6579	0.3194	0.1592	0.1723	-0.1051	-0.4893	-0.5915	0.1988	0.5854	0.2174	0.8477	0.2292	-0.0574	0.7882	0.1416	0.5801	16.6106	-10.9604	44.7335
4	3.7067	5.3108	-2.4516	8.8475	-1.6005	3.6675	0.1686	0.1644	1.0924	0.5223	-0.2244	-0.1225	-0.2872	-0.5699	-0.1891	0.948	0.2549	-0.0722	0.781	0.0797	0.6076	11.4419	-3.5229	53.2477
5	1.6818	0.2576	0.2895	4.0569	-0.0515	0.3097	0.2909	0.2503	0.1321	-1.0284	-0.539	-0.3883	0.2052	0.1509	0.1722	1.2663	0.1863	0.1041	0.9658	0.1554	0.5511	9.7845	-16.409	43.6187
6	8.0771	6.2458	-1.4515	4.71	-0.8039	6.1746	-1.4204	0.2032	-0.2741	0.5376	1.4053	-0.9966	-0.1911	-0.9603	-0.0891	0.5746	0.1107	-0.1259	0.5389	-0.096	0.5369	-13.9542	-1.857	26.794
7	4.157	3.1509	-0.5877	4.103	-1.5615	3.0664	-0.2307	-0.7999	-0.2219	1.5391	0.2899	0.5959	0.22	-0.1307	0.0088	1.0421	0.0918	-0.0266	0.8484	-0.0118	0.4116	-10.349	-11.9625	33.0753
8	4.4675	0.1627	5.5799	0.0147	0.2524	6.9104	0.2877	0.281	0.0672	-0.9994	-0.7055	-0.2717	0.1465	0.5657	0.2754	1.3285	0.2915	0.0331	0.6837	-0.0831	0.4227	-0.9594	-6.2722	27.5643
9	4.125	0.8411	-0.6687	6.4396	-4.2551	2.7599	-0.1458	-0.5531	0.3933	-0.4061	-0.1128	-0.0093	0.2219	-0.2381	0.1995	0.9807	0.0672	-0.0725	0.8388	-0.1593	0.4488	-5.5483	-3.3256	34.91
10	2.2443	-1.2888	-1.2085	2.872	3.4012	4.0104	0.4927	-0.1088	0.2931	-1.0812	-1.0823	-0.6092	0.4762	0.3083	0.5198	1.0986	0.2166	-0.1787	0.744	-0.0357	0.5035	-5.5063	0.2908	24.316
11	0.9732	-0.264	-0.1302	-0.0499	-0.4052	0.9014	-0.1105	-0.3675	0.5012	0.3538	-0.1946	-0.3889	1.305	0.0028	0.1398	1.4148	0.1378	-0.2016	0.7436	-0.1218	0.5087	-11.341	-2.0201	19.815
12	3.6375	-0.2971	2.3746	6.3328	2.2764	9.5668	0.0258	0.7027	0.2058	-0.4555	0.0246	-0.1317	0.2157	0.2621	0.1049	0.546	0.0298	-0.0412	0.5811	-0.0736	0.5456	-23.4042	8.6462	0.9219
13	7.9476	0.004	0.6821	6.5341	3.9233	2.5629	0.0623	-0.3688	0.2642	-0.1966	-0.1128	0.391	0.877	-0.8174	0.1848	0.5367	0.0716	-0.0958	0.5466	0.0219	0.5432	-30.5495	10.1345	0.6197
14	2.0733	-0.5214	-2.0722	2.6453	1.8658	4.7719	-0.5116	0.2557	-0.0878	-1.6693	-0.4532	-0.5541	0.8257	1.6819	-0.4489	2.2736	0.7527	0.0596	0.6973	-0.1496	0.6526	2.8654	-14.9044	7.9322
15	1.5928	-0.3225	0.4979	6.2985	2.0129	4.4551	0.1445	0.1952	-0.2237	-1.501	-0.6565	-0.0997	2.5964	-0.1748	0.2938	2.5313	0.7364	0.0866	0.4618	-0.1154	0.5894	-2.6652	-18.3316	11.0983
16	3.2791	-1.4759	0.5999	7.1975	-1.6057	2.2531	-0.2024	0.1254	0.0324	0.3994	0.3986	0.218	1.4046	0.4066	-0.0817	0.9806	0.1281	-0.0485	0.6627	-0.1161	0.4963	-15.894	7.0065	-6.2512
17	6.5447	3.5781	0.7099	6.7547	1.5591	4.1592	-0.1415	0.3394	-0.3512	0.3032	0.305	-0.2453	0.7368	0.0494	-0.0127	0.8139	0.1332	-0.0344	0.6677	-0.0937	0.4025	-10.8212	7.9232	-5.6664
18	5.2308	-2.4588	-0.8668	9.3152	0.3078	7.9995	-0.1048	0.0844	0.9889	-0.4399	0.4579	-0.9921	-0.5526	-0.1992	-0.1523	0.5418	-0.0122	-0.0351	0.5455	0.0922	0.6648	-12.9761	20.3436	-7.4962
19	7.9656	-5.2072	-6.2462	4.6351	5.1627	5.8298	-0.2157	1.5362	0.3321	1.0615	-0.4905	-0.277	-0.4556	-0.9061	0.6505	1.1517	0.1316	-0.1482	0.907	0.1852	0.7333	-14.4578	14.6533	-16.463

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'G' and (resid 45 through 76 )	G	45 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'G' and (resid 77 through 258 )	G	77 - 258
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'G' and (resid 259 through 385 )	G	259 - 385
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'G' and (resid 386 through 425 )	G	386 - 425
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'G' and (resid 426 through 491 )	G	426 - 491
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	1 - 17
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 18 through 33 )	H	18 - 33
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 34 through 59 )	H	34 - 59
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 60 through 82 )	H	60 - 82
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 82A through 95 )	H	82
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 96 through 124 )	H	96 - 124
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 125 through 175 )	H	125 - 175
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 176 through 215 )	H	176 - 215
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 1 through 38 )	L	1 - 38
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 39 through 102 )	L	39 - 102
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 103 through 143 )	L	103 - 143
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 144 through 174 )	L	144 - 174
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'L' and (resid 175 through 198 )	L	175 - 198
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'L' and (resid 199 through 214 )	L	199 - 214

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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