PDB-5s66: Tubulin-Z2856434929-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s66

タイトル

Tubulin-Z2856434929-complex

要素

Stathmin-4スタスミン
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine LigaseTubulin—tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) / TUBULIN FOLD /

CYTOSKELETON (細胞骨格) /

MICROTUBULE (微小管)

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process /

tubulin binding /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s66.cif.gz	892.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s66.ent.gz	737.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/5s66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/5s66	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jcb-d 6hx8-d 4o2a-d 5s5g-d 6y4m-d 6s9e-d 4o2b-d 6d88-d 5s5p-d 5s5y-d 5s50-d 6fii-d 5s63-d 6i5c-d 7ce6-d 6fjf-d 5s5h-d 6bs2-d 5zxh-d 5xlz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.690, 157.880, 178.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase / Tubulin—tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 7種, 386分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-LVV / 4-[(4-methylphenyl)methyl]-1,4-thiazinane 1,1-dioxide 分子量: 239.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#11: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→68 Å / Num. obs: 172450 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.721 % / B_iso Wilson estimate: 57.678 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 1.027 / Net I/σ(I): 12.19 / Num. measured all: 1159094 / Scaling rejects: 155

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	5.956	2.771	0.61	74965	12651	12586	0.255	3.04	99.5
2.15-2.21	6.367	2.104	0.85	78096	12308	12265	0.373	2.293	99.7
2.21-2.28	6.742	1.575	1.19	81001	12050	12014	0.53	1.707	99.7
2.28-2.35	7.082	1.178	1.63	82369	11652	11631	0.673	1.271	99.8
2.35-2.42	7.039	0.887	2.17	79466	11301	11290	0.772	0.957	99.9
2.42-2.51	6.93	0.663	2.83	75878	10965	10949	0.862	0.716	99.9
2.51-2.6	6.788	0.51	3.62	71733	10585	10568	0.902	0.552	99.8
2.6-2.71	6.523	0.397	4.51	66484	10205	10193	0.933	0.432	99.9
2.71-2.83	6.793	0.292	6.11	66585	9812	9802	0.964	0.317	99.9
2.83-2.97	7.054	0.215	8.3	65638	9313	9305	0.98	0.232	99.9
2.97-3.13	6.985	0.146	11.7	62334	8932	8924	0.991	0.158	99.9
3.13-3.32	6.85	0.106	15.47	57810	8449	8440	0.995	0.115	99.9
3.32-3.55	6.492	0.075	20.13	51547	7946	7940	0.997	0.082	99.9
3.55-3.83	6.809	0.057	26.72	50600	7434	7431	0.998	0.062	100
3.83-4.2	6.991	0.045	33.62	47896	6853	6851	0.999	0.049	100
4.2-4.7	6.816	0.037	39.72	42374	6219	6217	0.999	0.04	100
4.7-5.42	6.291	0.035	39.4	34831	5541	5537	0.999	0.039	99.9
5.42-6.64	6.886	0.037	39.52	32310	4692	4692	0.999	0.04	100
6.64-9.39	6.489	0.03	48.09	23958	3697	3692	0.999	0.032	99.9
9.39-68	6.227	0.025	57.69	13219	2134	2123	0.999	0.027	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.1→68 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2435	8620	5 %
R_work	0.2139	163817	-
obs	0.2154	172437	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 165.48 Å² / B_iso mean: 68.189 Å² / B_iso min: 34.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17281	0	201	374	17856
B_iso mean	-	-	58.48	61.81	-
残基数	-	-	-	-	2183

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.4062	303	0.3983	5320	5623	99
2.12-2.15	0.4116	263	0.3781	5424	5687	100
2.15-2.17	0.3794	258	0.358	5441	5699	100
2.18-2.2	0.3745	281	0.3475	5413	5694	100
2.2-2.23	0.3638	283	0.3341	5416	5699	100
2.23-2.26	0.3528	301	0.3214	5364	5665	100
2.26-2.29	0.3663	299	0.3173	5370	5669	100
2.29-2.33	0.3193	271	0.304	5467	5738	100
2.33-2.37	0.3369	292	0.296	5391	5683	100
2.37-2.4	0.3339	273	0.2861	5431	5704	100
2.4-2.45	0.2759	281	0.267	5405	5686	100
2.45-2.49	0.2974	296	0.2717	5429	5725	100
2.49-2.54	0.3196	292	0.2716	5437	5729	100
2.54-2.59	0.2958	288	0.2649	5430	5718	100
2.59-2.65	0.3047	284	0.2746	5415	5699	100
2.65-2.71	0.3052	301	0.2709	5442	5743	100
2.71-2.77	0.263	273	0.2558	5442	5715	100
2.77-2.85	0.3106	286	0.2544	5430	5716	100
2.85-2.93	0.313	286	0.2612	5463	5749	100
2.93-3.03	0.2655	274	0.244	5478	5752	100
3.03-3.14	0.2834	294	0.2486	5460	5754	100
3.14-3.26	0.28	310	0.241	5447	5757	100
3.26-3.41	0.2661	300	0.2209	5460	5760	100
3.41-3.59	0.2361	291	0.2069	5492	5783	100
3.59-3.82	0.2349	300	0.1973	5468	5768	100
3.82-4.11	0.1941	291	0.1817	5529	5820	100
4.11-4.52	0.185	299	0.163	5538	5837	100
4.52-5.18	0.1637	271	0.1574	5573	5844	100
5.18-6.52	0.2315	264	0.196	5653	5917	100
6.52-68	0.2097	315	0.1679	5789	6104	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6684	-0.5382	-0.3419	4.9387	1.7174	3.0865	0.0088	0.1203	0.2036	-0.6103	0.2134	-0.3819	-0.7867	0.23	-0.2197	0.6244	-0.1215	0.1176	0.4929	-0.0971	0.4724	32.1825	89.5681	50.5695
2	3.1466	-0.1258	-2.7382	5.4201	-0.4702	2.696	0.0446	-0.2302	0.0654	0.3046	-0.0038	-0.2434	-0.0347	0.1995	-0.0024	0.4031	0.0629	-0.0329	0.4057	-0.1148	0.41	30.2696	74.1941	58.9192
3	1.6332	0.0224	0.2399	3.8147	0.4607	4.4335	0.0703	0.0198	0.0854	0.3197	-0.0281	0.375	-0.1856	-0.2458	-0.049	0.3793	0.0434	0.0535	0.3466	-0.0947	0.4502	17.2794	84.4437	66.7208
4	1.1556	-1.2644	-0.0504	7.2821	2.0405	3.0041	-0.0614	-0.1873	0.1374	0.7159	0.0736	0.2005	-0.1136	-0.1925	-0.0202	0.4932	-0.0276	0.1155	0.508	-0.0645	0.4785	19.2776	83.2187	73.0941
5	1.0108	0.6622	1.1347	4.8532	3.006	2.5456	-0.1319	-0.0772	-0.0858	0.5805	0.2662	-0.241	0.4701	0.512	-0.1294	0.4968	0.143	-0.0568	0.4749	-0.1106	0.5738	32.7153	62.2355	61.51
6	5.5861	-2.4793	-1.239	7.295	0.841	3.5337	0.2957	0.2217	0.6982	-0.4101	-0.2877	0.2902	-0.8856	-0.302	0.0002	0.5549	0.0708	-0.0194	0.3964	-0.0034	0.4599	15.9505	69.9586	19.2401
7	2.287	0.3573	-0.0928	2.1619	1.128	3.1929	0.0511	-0.0195	0.0612	0.026	-0.1073	0.1979	-0.2993	-0.1576	0.038	0.3518	0.033	0.0009	0.4221	-0.0862	0.4338	20.2428	55.8977	25.2348
8	3.7283	-1.0629	1.6912	1.2189	-0.9644	3.6612	-0.2463	-0.2744	-0.0973	0.2849	0.0866	0.4066	-0.3622	-1.0673	0.1509	0.5896	0.042	0.053	0.7116	-0.1648	0.5956	7.2627	59.6753	43.4136
9	0.9689	-0.4955	-0.8827	4.2677	2.223	4.0078	0.0437	-0.1425	-0.1261	0.703	-0.0872	0.0853	0.6055	0.2202	0.0133	0.4157	-0.0422	-0.0334	0.4628	-0.034	0.424	21.2691	40.2872	32.2461
10	1.3008	-0.3664	0.0991	2.5982	0.1858	1.6085	-0.0191	0.1383	0.1021	-0.1867	0.1021	-0.0586	-0.1524	0.0854	-0.0774	0.3266	-0.0626	0.0372	0.4225	-0.0322	0.3877	20.1414	33.0315	-12.0286
11	1.1232	-0.5242	0.0327	1.4912	0.7368	1.2243	0.0098	-0.028	0.0852	0.1021	-0.0568	0.0969	0.042	-0.1828	0.0487	0.2612	-0.0473	0.0323	0.3385	-0.0209	0.3636	7.9297	25.8775	3.1909
12	4.5157	-1.5416	-0.2584	6.0897	0.2531	2.254	-0.1122	0.7913	0.1005	-0.7922	0.1475	0.2057	-0.0683	-0.0549	-0.0323	0.5151	-0.1267	0.0076	0.7749	0.0079	0.3742	17.2911	9.8339	-44.1551
13	1.9183	0.2938	-0.4379	1.4325	-0.2093	1.8418	-0.1133	0.3825	-0.1433	-0.2806	0.1515	-0.1807	0.258	0.1066	-0.0316	0.5167	-0.025	0.0494	0.5973	-0.1779	0.446	22.842	-2.1758	-34.3975
14	3.101	-3.6187	-0.269	4.6774	-0.2464	1.1979	-0.0405	0.0759	-0.6346	0.1403	-0.1496	0.6793	0.4387	-0.5448	0.174	0.6412	-0.1758	0.0314	0.7372	-0.1812	0.6858	3.0976	-6.1592	-23.183
15	1.7233	-0.3294	0.0534	1.2037	-0.2599	2.1448	-0.1423	0.1579	-0.2104	-0.0063	0.147	0.1278	0.1962	-0.3596	-0.0085	0.5119	-0.1076	0.0263	0.46	-0.1019	0.4952	8.8151	-1.6311	-21.0278
16	4.9115	0.6136	-2.328	2.6443	-1.0745	2.8326	-0.1651	0.2033	-0.7535	0.1146	0.0815	-0.3221	0.6049	0.1777	-0.0508	0.7124	0.0991	-0.0057	0.5384	-0.2254	0.7849	30.4533	-17.0791	-24.7285
17	3.2274	-2.2855	0.6461	7.0892	-0.482	1.742	0.1296	-0.4508	0.2453	1.4448	0.2015	-0.2577	-0.3998	0.4825	-0.2896	1.0341	-0.1064	-0.0718	0.8253	-0.2282	0.7307	27.9515	92.9184	81.6172
18	0.0013	-0.1019	-0.3523	4.2381	4.6825	5.2259	-0.0964	-0.0248	-0.0411	0.5179	0.8102	-0.6552	0.6305	1.066	-0.8197	0.572	0.1152	0.0038	0.8427	-0.219	0.7443	43.0756	28.1387	3.8213
19	3.8625	2.4052	-0.9684	6.2693	0.742	3.4673	-0.5609	0.7441	-0.7816	-0.2289	0.2606	-0.3666	1.401	-0.56	0.2181	0.984	-0.1873	0.1705	0.6629	-0.1625	0.5971	6.7347	54.5885	69.6863
20	5.6021	0.2943	2.9267	3.6061	-1.6219	8.7999	0.0436	-0.6036	0.3245	0.5942	-0.1367	-0.6912	0.0826	1.3898	0.0946	0.6485	0.0394	-0.1049	0.8846	-0.0447	0.6055	15.8515	64.6458	102.6352
21	3.8182	0.4175	1.0482	2.1157	-0.8342	5.0781	-0.1239	-0.5736	-0.5931	0.3105	-0.1521	-0.4904	0.9193	1.327	0.2649	0.9606	0.3308	0.0686	0.9165	0.212	0.7616	11.234	52.3241	106.0075
22	2.5409	1.1736	-1.0108	1.7458	-0.4365	2.3763	-0.3651	0.0534	-0.7863	0.2427	0.1957	-0.26	1.0742	-0.0174	0.1503	1.1406	0.0754	0.1579	0.5238	0.0261	0.788	-2.0222	49.9196	99.3369
23	3.3767	-0.2871	-2.2252	0.3015	1.2514	5.6357	-0.226	0.3212	-0.377	-0.0121	0.3813	-0.0394	0.9976	-0.2436	-0.1897	0.8021	-0.042	0.0412	0.4435	0.0062	0.5488	1.267	58.1895	87.5224
24	0.3458	-0.9378	-0.6316	2.5459	2.0044	5.9411	-0.0974	0.917	0.0211	-0.1296	-0.0525	0.9553	0.7289	-1.7367	0.1757	0.6497	-0.2241	-0.0409	1.1947	-0.0271	0.7347	-9.0154	59.8083	76.6035

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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