PDB-5s60: Tubulin-Z27695365-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s60

タイトル

Tubulin-Z27695365-complex

要素

Stathmin-4スタスミン
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine LigaseTubulin—tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) / TUBULIN FOLD /

CYTOSKELETON (細胞骨格) /

MICROTUBULE (微小管)

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process /

tubulin binding /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s60.cif.gz	923.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s60.ent.gz	756.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s60.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/5s60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/5s60	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s4v-d 6lsn-d 5gon-d 5s58-d 5s51-d 6qqn-d 5s5h-d 4o4l-d 5s5v-d 5s64-d 6d88-d 6jcj-d 7ce8-d 6fii-d 5ca1-d 7dae-d 6fjf-d 6ses-d 4zi7-d 5xlz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.350, 160.060, 178.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase / Tubulin—tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 735分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-X1G / N-[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-3-methylbutanamide 分子量: 235.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→63.73 Å / Num. obs: 133380 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.774 % / B_iso Wilson estimate: 60.155 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 1.004 / Net I/σ(I): 13.24 / Num. measured all: 903559 / Scaling rejects: 51

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36	7.051	1.316	1.46	69048	9818	9792	0.696	1.421	99.7
2.36-2.42	7.009	1.054	1.98	67101	9592	9573	0.732	1.139	99.8
2.42-2.49	6.932	0.812	2.6	64670	9344	9329	0.828	0.877	99.8
2.49-2.57	6.814	0.669	3.12	61480	9033	9022	0.87	0.724	99.9
2.57-2.66	6.496	0.519	3.86	56919	8778	8762	0.903	0.564	99.8
2.66-2.75	6.585	0.428	4.69	55911	8500	8491	0.923	0.465	99.9
2.75-2.85	6.932	0.321	6.16	57187	8258	8250	0.964	0.347	99.9
2.85-2.97	7.045	0.247	7.9	55495	7879	7877	0.976	0.267	100
2.97-3.1	6.972	0.174	10.42	53206	7636	7631	0.988	0.188	99.9
3.1-3.25	6.909	0.133	13.09	50084	7256	7249	0.992	0.144	99.9
3.25-3.43	6.587	0.103	15.79	45535	6921	6913	0.994	0.112	99.9
3.43-3.64	6.457	0.081	18.79	42727	6620	6617	0.996	0.088	100
3.64-3.89	6.817	0.067	22.52	37195	6154	5456	0.997	0.073	88.7
3.89-4.2	6.892	0.055	27.5	39748	5768	5767	0.998	0.059	100
4.2-4.6	6.746	0.046	31.81	36026	5346	5340	0.998	0.049	99.9
4.6-5.14	6.232	0.042	32.83	30003	4817	4814	0.998	0.046	99.9
5.14-5.94	6.552	0.042	33.22	28234	4311	4309	0.998	0.046	100
5.94-7.27	6.815	0.04	35.95	24882	3654	3651	0.999	0.044	99.9
7.27-10.29	6.172	0.033	42.29	17764	2883	2878	0.999	0.036	99.8
10.29-63.73	6.235	0.029	47.99	10344	1676	1659	0.999	0.031	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.3→63.73 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2279	6595	4.95 %
R_work	0.1935	126753	-
obs	0.1952	133348	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 185.72 Å² / B_iso mean: 69.7014 Å² / B_iso min: 32.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→63.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17434	0	206	719	18359
B_iso mean	-	-	61.58	59.94	-
残基数	-	-	-	-	2203

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3468	216	0.3103	4189	4405	100
2.33-2.35	0.3145	199	0.2957	4195	4394	100
2.35-2.38	0.3003	225	0.279	4223	4448	100
2.38-2.41	0.3231	222	0.2712	4173	4395	100
2.41-2.44	0.2867	229	0.2581	4209	4438	100
2.44-2.48	0.3111	233	0.2594	4159	4392	100
2.48-2.51	0.3116	212	0.263	4242	4454	100
2.51-2.55	0.297	210	0.2533	4213	4423	100
2.55-2.59	0.2807	226	0.248	4212	4438	100
2.59-2.63	0.2939	227	0.248	4200	4427	100
2.63-2.68	0.2779	216	0.2467	4176	4392	100
2.68-2.73	0.265	215	0.2409	4255	4470	100
2.73-2.78	0.2803	206	0.235	4229	4435	100
2.78-2.84	0.2688	221	0.2261	4222	4443	100
2.84-2.9	0.2743	229	0.2269	4181	4410	100
2.9-2.97	0.2647	227	0.2232	4248	4475	100
2.97-3.04	0.2594	221	0.2156	4237	4458	100
3.04-3.12	0.2606	241	0.2194	4202	4443	100
3.12-3.21	0.2613	219	0.2169	4245	4464	100
3.21-3.32	0.2685	215	0.2145	4245	4460	100
3.32-3.44	0.2424	213	0.2058	4269	4482	100
3.44-3.57	0.2486	198	0.1976	4271	4469	100
3.57-3.74	0.226	164	0.1904	3618	3782	84
3.74-3.93	0.1862	218	0.1776	4289	4507	100
3.93-4.18	0.1862	233	0.1647	4246	4479	100
4.18-4.5	0.1867	225	0.156	4288	4513	100
4.5-4.95	0.1876	242	0.1475	4296	4538	100
4.95-5.67	0.2025	223	0.1683	4316	4539	100
5.67-7.14	0.2254	236	0.1904	4376	4612	100
7.14-63.73	0.1878	234	0.1629	4529	4763	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8996	-0.2693	-0.0513	4.7837	0.8409	2.6625	-0.0151	0.1397	0.1741	-0.6424	0.2653	-0.3296	-0.7311	0.2929	-0.2608	0.656	-0.1121	0.1361	0.5445	-0.1314	0.4277	32.336	90.6712	50.2848
2	4.9415	-0.0419	-3.1817	5.555	-1.4475	3.0044	0.0822	-0.1758	-0.0629	0.3982	-0.0344	-0.0864	0.1582	0.3096	-0.0138	0.4013	0.0549	-0.0133	0.4271	-0.1299	0.3035	30.2559	75.3796	58.6927
3	1.7676	0.0799	-0.0446	4.0547	0.9133	5.2123	0.1127	-0.0457	0.0497	0.2541	-0.0819	0.3493	-0.087	-0.2696	-0.0577	0.3921	0.0276	0.0613	0.3768	-0.1174	0.4448	17.2259	85.8258	66.385
4	1.1344	-1.1993	0.0123	7.2394	1.5388	1.988	-0.0858	-0.156	0.0355	0.7475	0.0977	0.2332	0.0694	-0.0622	-0.0315	0.5134	-0.0122	0.1061	0.5256	-0.0946	0.4382	19.1681	84.6842	72.8316
5	2.5957	0.0565	0.4156	5.3192	4.0277	5.5702	-0.0997	-0.1727	-0.1794	0.9767	0.398	-0.4474	0.9565	0.5687	-0.2777	0.5921	0.1086	-0.0873	0.3633	-0.0811	0.5443	32.6409	63.4062	61.4259
6	6.3142	-2.3561	-1.4847	5.626	0.6917	4.9474	0.3086	0.2615	0.9963	-0.3414	-0.1535	0.0698	-1.1696	-0.1156	-0.0812	0.5956	0.0137	-0.0028	0.4218	0.0088	0.5365	16.1906	70.6215	18.9365
7	2.2875	0.3891	0.0171	3.0222	1.654	3.7834	0.054	-0.0793	0.1374	0.048	-0.1105	0.0952	-0.274	-0.0115	0.0181	0.3417	0.0096	0.0053	0.3906	-0.0701	0.3715	20.3607	56.6398	25.0419
8	3.9589	-2.0693	1.7713	4.1916	-0.2281	3.7492	-0.1744	-0.3921	-0.1414	0.1983	-0.0461	0.5856	-0.0617	-1.3171	0.2169	0.5486	0.0359	0.0845	0.8218	-0.2055	0.5419	5.9939	60.9658	42.1719
9	1.0494	-1.7662	-1.2296	5.7023	3.7653	4.9291	-0.0979	-0.2049	-0.1309	1.0115	0.0675	0.0392	0.8205	0.2904	-0.0296	0.4796	-0.0767	-0.0231	0.5056	-0.041	0.4236	21.3032	41.0577	32.2518
10	1.525	-0.4496	-0.053	3.2603	0.3223	1.8164	-0.0586	0.1924	0.1019	-0.2471	0.1199	-0.0302	-0.1775	0.1306	-0.0593	0.3224	-0.0675	0.031	0.434	-0.0343	0.3343	20.2966	33.6808	-12.0754
11	1.3601	-0.6613	0.0747	2.116	1.0028	1.863	-0.0108	-0.0086	0.1025	0.1279	-0.0833	0.1239	0.0062	-0.2562	0.0878	0.2715	-0.0628	0.0447	0.3704	-0.0188	0.331	7.9501	26.5678	3.1059
12	4.2224	-2.1945	-0.1041	7.1747	1.2793	1.7401	-0.0891	0.8055	0.0436	-0.7316	0.1238	0.0903	-0.0375	-0.0476	-0.0532	0.6064	-0.1083	0.0509	0.8658	-0.0581	0.3421	17.4324	10.54	-44.1203
13	1.6669	0.0071	-0.0014	1.7113	0.1148	1.9681	-0.0898	0.4728	-0.1973	-0.3756	0.1707	-0.2709	0.1993	0.1475	-0.0695	0.5571	-0.0459	0.082	0.6632	-0.2075	0.4723	22.9677	-1.5703	-34.4405
14	2.7211	-2.1493	-1.2584	4.6455	-0.4567	1.3109	0.0954	0.2988	-0.4471	-0.6725	-0.1401	0.5869	0.5921	-0.6413	-0.0036	0.6807	-0.1209	-0.0319	0.7569	-0.2453	0.6483	2.0496	-5.6478	-25.2869
15	3.1726	-1.0096	-0.4681	2.3927	0.4184	2.8493	-0.1561	0.2723	-0.3995	-0.103	0.1185	0.2913	0.271	-0.2813	0.0336	0.493	-0.1201	-0.0006	0.5092	-0.1306	0.4412	8.8375	-1.0419	-21.0524
16	4.513	-1.0467	-3.6275	4.3694	1.9697	6.5552	-0.2902	0.0012	-0.8877	0.1732	0.1791	-0.3859	0.8541	0.6086	-0.135	0.7241	0.142	-0.0353	0.6636	-0.2729	0.8771	30.5313	-16.5608	-24.9412
17	4.0558	-1.7918	0.183	4.8974	0.6354	2.5587	-0.0244	-0.3166	-0.0729	1.1364	0.4026	-0.0123	-0.1024	0.4259	-0.372	0.8875	-0.0659	-0.0765	0.6567	-0.1701	0.5852	27.9372	94.3392	81.1917
18	0.2172	-0.4067	-0.6386	3.2228	3.3246	3.8963	-0.0906	-0.042	-0.0304	0.6199	0.5729	-0.5071	0.7141	0.8931	-0.6102	0.5557	0.1004	0.0093	0.8704	-0.2282	0.7263	43.228	28.7232	3.8438
19	3.472	1.5192	-0.3081	7.7665	2.844	4.9347	-0.5354	0.7667	-0.7256	-0.4166	0.3951	-0.2916	1.4479	-0.4192	0.0677	1.0446	-0.2246	0.1481	0.7924	-0.1472	0.602	6.6013	56.0615	69.5819
20	4.4533	1.4458	1.6106	3.7585	-0.7023	6.9801	0.1586	-1.185	0.015	0.4717	-0.4719	-0.6494	-0.2917	1.5933	0.2863	0.709	-0.0202	-0.0471	1.172	0.0599	0.716	16.4883	65.9976	102.4339
21	4.9109	1.5813	2.2994	4.1833	-0.9941	6.1116	0.1088	-0.5893	-0.7466	0.7879	-0.3752	-0.9493	0.7603	1.6738	0.2424	1.0583	0.3596	0.0554	1.0686	0.1807	0.9011	11.7422	53.9487	105.2966
22	2.1979	1.2132	-1.1052	4.2414	-0.7405	2.7375	-0.3954	0.0814	-0.7514	0.321	0.2373	-0.2243	0.9637	-0.0622	0.0871	1.0805	0.0757	0.2087	0.5005	0.0451	0.8124	-2.1919	51.542	99.2875
23	3.2409	0.2468	-2.3864	0.9112	0.4039	3.8824	-0.373	0.373	-0.5242	-0.0135	0.3841	-0.052	1.0671	-0.2745	-0.0655	0.9357	-0.0797	0.0601	0.4789	0.0024	0.6127	1.1105	59.7673	87.4317
24	3.3183	0.8533	-1.4945	3.3328	-0.5927	6.4965	-0.1618	0.654	-0.4026	0.2546	0.4019	0.3182	0.8627	-0.6938	-0.2539	0.7123	-0.0963	-0.0075	0.6482	-0.0094	0.6622	-4.9282	60.5572	82.7457

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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