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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qr3 | ||||||
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タイトル | PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of human ALAS2A in complex with Z915492990 | ||||||
要素 | 5-aminolevulinate synthase, erythroid-specific, mitochondrialアミノレブリン酸シンターゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アミノレブリン酸シンターゼ / 5-aminolevulinate synthase activity / hemoglobin biosynthetic process / intracellular oxygen homeostasis / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / ヘム / heme biosynthetic process / erythrocyte development / 赤血球形成 / pyridoxal phosphate binding ...アミノレブリン酸シンターゼ / 5-aminolevulinate synthase activity / hemoglobin biosynthetic process / intracellular oxygen homeostasis / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / ヘム / heme biosynthetic process / erythrocyte development / 赤血球形成 / pyridoxal phosphate binding / intracellular iron ion homeostasis / ミトコンドリア内膜 / response to hypoxia / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å | ||||||
データ登録者 | Bezerra, G.A. / Foster, W. / Bailey, H. / Shrestha, L. / Krojer, T. / Talon, R. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Nicola, B.B. / von Delft, F. ...Bezerra, G.A. / Foster, W. / Bailey, H. / Shrestha, L. / Krojer, T. / Talon, R. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Nicola, B.B. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Yue, W.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: PanDDA analysis group deposition 著者: Bezerra, G.A. / Foster, W. / Bailey, H. / Shrestha, L. / Krojer, T. / Talon, R. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Nicola, B.B. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, ...著者: Bezerra, G.A. / Foster, W. / Bailey, H. / Shrestha, L. / Krojer, T. / Talon, R. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Nicola, B.B. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Yue, W.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5qr3.cif.gz | 183.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5qr3.ent.gz | 144.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5qr3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/5qr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/5qr3 | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002078 (25エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | human 5'-Aminolevulinate synthase erythroid-specific (ALAS2) screened against the DSi Poised Fragment Library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | 6hrhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52250.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALAS2, ALASE, ASB 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P22557, アミノレブリン酸シンターゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-JO1 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M magnesium chloride, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月9日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.71→48.499 Å / Num. obs: 81715 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 281169 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 %
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 6hrh 解像度: 1.71→55.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.351 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.29 Å2 / Biso mean: 27.251 Å2 / Biso min: 11.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.71→55.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.71→1.755 Å / Total num. of bins used: 20
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