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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oym | ||||||||||||
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タイトル | HIV Integrase Binding Domain of Lens Epithelium-Derived Growth Factor | ||||||||||||
要素 | PC4 and SFRS1-interacting protein | ||||||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Integrase binding (インテグラーゼ) / transciptional co-activator / domain swap | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン ...supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン / nuclear periphery / ユークロマチン / response to heat / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / クロマチンリモデリング / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rabbitts, T.H. / Phillips, S.E.V. / Cruz-Migoni, A. / Carr, S.B. / Hannon, C. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018 タイトル: Cloning, purification and structure determination of the HIV integrase-binding domain of lens epithelium-derived growth factor. 著者: Hannon, C. / Cruz-Migoni, A. / Platonova, O. / Owen, R.L. / Nettleship, J.E. / Miller, A. / Carr, S.B. / Harris, G. / Rabbitts, T.H. / Phillips, S.E.V. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oym.cif.gz | 164 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oym.ent.gz | 129.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oym.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/5oym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/5oym | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2b4jS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11897.691 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: O75475 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Sodium Fluoride, 0.1 M bis-Tris propane, pH 8.5 and 20 % w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→54.81 Å / Num. obs: 55617 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 8059 / CC1/2: 0.51 / Rrim(I) all: 0.796 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2b4j 解像度: 2.05→14.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.311 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.17 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.998 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.05→14.98 Å
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拘束条件 |
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