+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ov7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | tubulin - rigosertib complex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON (細胞骨格) / MICROTUBULE (微小管) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / 成長円錐 / 微小管 / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Gallus gallus (ニワトリ) Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å | ||||||
データ登録者 | Menchon, G. / Prota, A.E. / Steinmetz, M. / Jost, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017 タイトル: Combined CRISPRi/a-Based Chemical Genetic Screens Reveal that Rigosertib Is a Microtubule-Destabilizing Agent. 著者: Jost, M. / Chen, Y. / Gilbert, L.A. / Horlbeck, M.A. / Krenning, L. / Menchon, G. / Rai, A. / Cho, M.Y. / Stern, J.J. / Prota, A.E. / Kampmann, M. / Akhmanova, A. / Steinmetz, M.O. / ...著者: Jost, M. / Chen, Y. / Gilbert, L.A. / Horlbeck, M.A. / Krenning, L. / Menchon, G. / Rai, A. / Cho, M.Y. / Stern, J.J. / Prota, A.E. / Kampmann, M. / Akhmanova, A. / Steinmetz, M.O. / Tanenbaum, M.E. / Weissman, J.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ov7.cif.gz | 912.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5ov7.ent.gz | 752.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ov7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/5ov7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/5ov7 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 4i4tS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947 #2: タンパク質 | 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856 #3: タンパク質 | | 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043 #4: タンパク質 | | 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43 |
---|
-非ポリマー , 9種, 364分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-CA / | #8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-MES / | #12: 化合物 | ChemComp-ACP / | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.07 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 4 to 10% PEG 4K, 4 to 6% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, and 100 mM MES/imidazole, pH 6.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→48.1 Å / Num. obs: 116426 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 2.12 / Rrim(I) all: 2.229 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4i4t 解像度: 2.402→48.079 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.402→48.079 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|