PDB-5ouo: Structure of TgPLP1 APCbeta domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ouo

タイトル

Structure of TgPLP1 APCbeta domain

要素

Perforin-like protein 1

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN /

Toxoplasma (トキソプラズマ) / cell egress / beta prism

機能・相同性

機能・相同性情報

microneme membrane / exit from host cell / symbiont-containing vacuole membrane / wide pore channel activity / cytoplasmic vesicle / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.11 Å

データ登録者

Ni, T. / Gilbert, R.J.C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: Structures of monomeric and oligomeric forms of theToxoplasma gondiiperforin-like protein 1.
著者: Ni, T. / Williams, S.I. / Rezelj, S. / Anderluh, G. / Harlos, K. / Stansfeld, P.J. / Gilbert, R.J.C.

履歴

登録	2017年8月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.3	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ouo.cif.gz	175.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ouo.ent.gz	147.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ouo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/5ouo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/5ouo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oupC 5ouqC 5ownC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5whb-1 2y3x-1 1oaa-d 6d7a-2 6ta7-3 2xre-3 1z4n-2 1nas-d 6rxq-2 2hti-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Perforin-like protein 1

ヘテロ分子

30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.760, 50.210, 52.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1265- HOH
2	1	A-1529- HOH
3	1	A-1625- HOH

#1: タンパク質	Perforin-like protein 1 分子量: 29930.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: PLP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A1E348, UniProt: V5BCL0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M bis-Tris, pH5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→50.37 Å / Num. obs: 99521 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 11.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2044: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.11→50.37 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1667	4822	4.85 %
R_work	0.1492	-	-
obs	0.1501	99513	96.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.11→50.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1974	0	3	434	2411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2095
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	2850
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.168	793
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	307
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	381

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.11-1.1226	0.3157	104	0.3332	2366	X-RAY DIFFRACTION	73
1.1226-1.1358	0.3569	146	0.3298	2530	X-RAY DIFFRACTION	78
1.1358-1.1497	0.3261	129	0.3214	2705	X-RAY DIFFRACTION	84
1.1497-1.1643	0.3186	134	0.2999	2856	X-RAY DIFFRACTION	88
1.1643-1.1796	0.3144	165	0.2971	3032	X-RAY DIFFRACTION	93
1.1796-1.1957	0.2634	184	0.2944	3165	X-RAY DIFFRACTION	97
1.1957-1.2128	0.2914	131	0.2818	3216	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2128-1.2309	0.2981	158	0.2716	3210	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2309-1.2502	0.2819	155	0.2617	3270	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2502-1.2707	0.2709	171	0.2564	3175	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2707-1.2926	0.235	170	0.2348	3183	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2926-1.3161	0.218	161	0.2294	3283	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3161-1.3414	0.2289	177	0.2183	3225	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3414-1.3688	0.2351	176	0.2073	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3688-1.3985	0.2341	175	0.2029	3222	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3985-1.4311	0.2082	191	0.1883	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4311-1.4669	0.2033	153	0.1785	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4669-1.5065	0.1789	162	0.1652	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5065-1.5509	0.1637	159	0.15	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5509-1.6009	0.1686	155	0.149	3262	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6009-1.6581	0.1731	197	0.1407	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6581-1.7245	0.1602	157	0.1446	3220	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7245-1.803	0.1766	160	0.1424	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.803-1.8981	0.1474	149	0.128	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8981-2.017	0.1429	176	0.1156	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.017-2.1727	0.1204	170	0.1069	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1727-2.3914	0.1344	163	0.109	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3914-2.7374	0.1197	169	0.1131	3288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7374-3.4487	0.1404	164	0.1095	3303	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4487-50.4249	0.1201	161	0.1141	3378	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1417	-0.207	-0.1141	0.9082	-0.4005	2.4987	0.0033	-0.0034	-0.0543	0.0016	0.0029	0.0598	0.0816	-0.0168	-0.012	0.0725	-0.0041	0.0044	0.0677	-0.0008	0.0994	114.3196	-56.8178	1.6881
2	2.2777	0.2863	0.1927	2.1035	0.2503	3.65	0.0396	-0.0262	-0.0845	0.0071	-0.0498	-0.1651	0.1092	0.1827	-0.017	0.0581	0.0118	0.003	0.0458	0.0048	0.104	127.8665	-51.1776	-0.3767
3	1.7038	0.1966	-1.9889	0.5273	-0.6368	4.6623	0.0625	-0.1536	0.0782	0.0629	-0.0086	-0.0332	-0.0989	0.1545	-0.0587	0.0717	-0.0038	-0.0072	0.08	-0.018	0.0983	124.6845	-45.9656	7.499
4	1.342	0.0324	-0.6984	0.8959	0.1576	2.4067	0.1141	-0.1514	0.2188	-0.0277	0.0208	-0.1118	-0.1114	0.2107	-0.1663	0.0785	0.0061	0.0022	0.051	-0.0048	0.1259	114.0523	-40.4897	3.3598
5	1.3163	-0.2272	-0.7821	0.8593	-1.2435	4.5384	0.0725	0.0108	0.1716	0.0282	-0.0018	0.0267	-0.1418	-0.0992	-0.0714	0.0546	-0.0064	0.0088	0.0572	-0.01	0.0978	108.7986	-43.0402	2.8241
6	1.8081	-0.221	-2.5427	0.0893	0.3574	6.0748	0.006	-0.0559	0.0796	0.031	0.0283	0.0043	0.0738	-0.0532	-0.0484	0.0674	-0.0118	0.0002	0.0664	-0.0159	0.0974	109.1018	-44.2251	13.6366

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 810 through 890 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 891 through 931 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 932 through 972 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 973 through 1002 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1003 through 1046 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1047 through 1072 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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