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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oow | ||||||
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タイトル | Crystal structure of lobe II from the nucleotide binding domain of DnaK in complex with AMPPCP | ||||||
要素 | Chaperone protein DnaKシャペロン | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / Hsp70 (Hsp70) / nucleotide binding domain / NBD / sugar kinase family | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / protein folding chaperone / 封入体 / heat shock protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding ...stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / protein folding chaperone / 封入体 / heat shock protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / protein-containing complex assembly / DNA複製 / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Jakob, R.P. / Bauer, D. / Meinhold, S. / Stigler, J. / Merkel, U. / Maier, T. / Rief, M. / Zoldak, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: A folding nucleus and minimal ATP binding domain of Hsp70 identified by single-molecule force spectroscopy. 著者: Bauer, D. / Meinhold, S. / Jakob, R.P. / Stigler, J. / Merkel, U. / Maier, T. / Rief, M. / Zoldak, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oow.cif.gz | 299.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oow.ent.gz | 247.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oow.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oow | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4jn4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22458.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: dnaK, groP, grpF, seg, b0014, JW0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y8 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 25% PEG1500, 0.1 M MIB buffer pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→54.74 Å / Num. obs: 11517 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 69.16 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.255 / Rpim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.966 / Num. unique obs: 1846 / CC1/2: 0.73 / Rpim(I) all: 0.597 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JN4 解像度: 2.9→54.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.374
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原子変位パラメータ | Biso mean: 57.22 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.9→54.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.18 Å / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | T22: -0.304 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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