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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5one | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Aurora-A in complex with FMF-03-145-1 (compound 2) | ||||||
要素 | Aurora kinase AオーロラAキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / aurora kinase (オーロラキナーゼ) / kinase (キナーゼ) / inhibitor complex (酵素阻害剤) / cell cycle (細胞周期) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / AURKA Activation by TPX2 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mitotic spindle organization / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / negative regulation of protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / spindle microtubule / 紡錘体 / 動原体 / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Chaikuad, A. / Ferguson, F.M. / Gray, N.S. / Knapp, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017 タイトル: Characterization of a highly selective inhibitor of the Aurora kinases. 著者: Ferguson, F.M. / Doctor, Z.M. / Chaikuad, A. / Sim, T. / Kim, N.D. / Knapp, S. / Gray, N.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5one.cif.gz | 121.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5one.ent.gz | 94.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5one.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5one ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5one | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ol7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32948.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-9YQ / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18% PEG 3350, 0.2 M Ammonium citrate, 0.1 M bis-tris, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97779 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97779 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→43.38 Å / Num. obs: 10651 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 72.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.989 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1518 / CC1/2: 0.787 / Rpim(I) all: 0.395 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ol7 解像度: 2.6→43.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 26.931 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.635 / ESU R Free: 0.315 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 86.745 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→43.38 Å
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拘束条件 |
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