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- PDB-5ol5: Crystal structure of an inactivated Ssp SICLOPPS intein with CFAH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ol5
タイトルCrystal structure of an inactivated Ssp SICLOPPS intein with CFAHPQ extein
要素(DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit ...DNA polymerase III holoenzyme) x 2
キーワードSPLICING / intein / extein / SICLOPPS / cyclic peptide (環状ペプチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing / 3'-5' exonuclease activity / DNA複製 / nucleic acid binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain ...Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / Hint domain superfamily / OB-fold nucleic acid binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA polymerase III subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.329 Å
データ登録者Kick, L.M. / Schneider, S.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
Center for Integrated Protein Science ドイツ
German Research FoundationSCHN1273 ドイツ
German Research FoundationSFB749 ドイツ
Fonds der chemischen Industrie ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Mechanistic Insights into Cyclic Peptide Generation by DnaE Split-Inteins through Quantitative and Structural Investigation.
著者: Kick, L.M. / Harteis, S. / Koch, M.F. / Schneider, S.
履歴
登録2017年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha
B: DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha
C: DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha
D: DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9809
ポリマ－77,5434
非ポリマー4365
水2,252125
1
A: DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6473
ポリマ－19,3941
非ポリマー2532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3941
ポリマ－19,3941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5023
ポリマ－19,3781
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4372
ポリマ－19,3781
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.120, 92.129, 110.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

-
DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha / DNA polymerase III holoenzyme


分子量: 19393.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア), (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: dnaE-N, slr0603, dnaE-C, sll1572 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P74750, DNAポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha / DNA polymerase III holoenzyme


分子量: 19377.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア), (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: dnaE-N, slr0603, dnaE-C, sll1572 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P74750, DNAポリメラーゼ

-
非ポリマー , 4種, 130分子

#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50mM Tris-HCl pH 8.0, 200mM MgCl2, 25%(w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.329→55.224 Å / Num. obs: 26852 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 14 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.33→2.4 Å / 冗長度: 13.1 % / Num. unique obs: 2579 / CC1/2: 0.7 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OL1

5ol1


解像度: 2.329→55.224 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 1311 4.95 %
Rwork0.2309 --
obs0.2331 26472 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.329→55.224 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4418 0 17 125 4560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054557
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6076181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7763191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3293-2.42260.41011370.3812599X-RAY DIFFRACTION94
2.4226-2.53280.37541440.35252720X-RAY DIFFRACTION97
2.5328-2.66640.37541280.33242760X-RAY DIFFRACTION98
2.6664-2.83340.30381500.29962774X-RAY DIFFRACTION99
2.8334-3.05220.35861450.28262783X-RAY DIFFRACTION99
3.0522-3.35930.30241580.23552805X-RAY DIFFRACTION99
3.3593-3.84530.26221550.21532831X-RAY DIFFRACTION100
3.8453-4.84420.19551420.1662886X-RAY DIFFRACTION100
4.8442-55.23950.24691520.19333003X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.05141.3625-0.67848.2662-3.4077.4826-0.4258-0.31080.19231.21580.25270.1750.5730.2252-0.0470.837-0.0591-0.03340.388-0.01070.2873-0.667623.4793-17.6008
22.05641.5703-1.02145.5765-4.84694.4588-0.2465-0.17790.26670.7678-0.0344-0.1739-1.245-0.15670.7560.3296-0.00050.00210.286-0.03160.3497-3.838636.6013-5.4606
31.1197-0.87380.49445.0994-0.4248.95250.0878-0.30360.0799-0.06790.0808-0.02010.2602-0.0623-0.18250.3127-0.11910.01170.3805-0.03810.2872-3.411127.7841-0.1826
46.31235.03932.67624.09042.51852.48170.32110.34040.59070.4934-0.15251.42860.6802-1.12310.13350.40060.03730.03630.5152-0.03040.4319-12.62933.4509-0.0881
56.5266-2.299-5.45618.93383.37998.22690.15820.4975-0.09940.8602-0.85020.07110.9768-0.58710.49290.3775-0.1248-0.03690.4101-0.02290.3207-4.706422.55526.3122
61.4272-2.1213-0.46555.5269-1.97735.4765-0.0232-0.45880.29731.12340.3237-0.0599-0.19030.0787-0.16710.3284-0.1019-0.00550.4976-0.13110.3589-4.46529.44136.9185
75.52180.04090.10948.46751.85496.12770.16920.49820.2589-0.6293-0.39430.77330.416-0.27570.10120.4617-0.03240.04870.3757-0.01370.2427-3.031829.9124-13.1909
85.6528-0.11481.30747.95260.85285.8385-0.1231-0.673-0.3397-0.55050.0766-0.85470.90032.0672-0.21720.47620.2310.11910.55290.03420.43295.930523.1033-6.1884
93.40571.0776-0.81731.7571.87183.3648-0.9777-1.5589-0.0946-0.9219-0.5659-1.73350.61051.8185-0.44240.57760.44770.45090.7896-0.2125-0.09347.339524.515-12.4119
103.2705-3.01572.84163.8882-0.14488.18671.3191.0028-0.4103-0.69290.009-0.18351.80571.52720.17591.41930.17460.23560.54750.02360.32422.69316.6627-10.38
114.26112.0953-1.69643.4913-3.61224.7428-0.2511-0.3352-0.205-0.8754-0.0177-0.58490.2432-0.37940.23870.60340.1190.02810.5376-0.12420.393-30.167524.0122-5.1794
120.6731-0.37311.57535.34490.07497.5068-0.04620.10030.06020.2014-0.24510.36820.0844-0.68520.2870.28660.01410.0430.5785-0.13510.4869-31.450915.755-20.3583
134.86640.34160.47823.80480.18680.51340.1460.9562-0.1532-1.4208-0.14971.2847-0.3458-0.238-0.26680.76760.2661-0.0841.096-0.25920.9684-43.549721.238-24.7232
141.24762.4661-1.13435.0902-2.6346.192-0.3723-1.2853-0.9085-0.87320.56451.3110.1203-1.97860.34370.4734-0.14210.05291.1375-0.36930.7661-42.703813.184-22.361
152.02620.35230.35352.84790.59398.1952-0.11190.2198-0.0962-0.1509-0.22880.3975-0.0105-1.35370.47920.35050.12070.01180.5696-0.20290.5159-33.671219.2213-20.713
168.18261.68831.226.9367-2.2469.773-0.17980.18780.02980.08730.0887-0.6705-1.14820.35360.08340.4260.02770.00350.3811-0.04030.3531-24.321625.0246-13.5533
171.362-1.72881.72016.272-7.23558.33960.08840.0961-0.5094-0.77140.23780.60431.9364-0.588-0.14481.0097-0.00060.0540.4352-0.03340.4925-29.703513.07229.2314
187.3508-0.7165-1.97422.0796-1.79825.31080.1103-0.5161-0.1458-0.0007-0.2097-0.1119-0.05950.4004-0.06210.2827-0.01450.02240.21350.02360.2983-37.478835.457313.5621
195.8105-1.964-2.095.9545-0.32718.18040.09060.2648-0.1944-0.4536-0.26820.06890.05780.01160.19810.1927-0.0447-0.00650.2169-0.02070.2573-34.914636.23856.2921
207.20953.577-2.57335.1586-4.13595.69390.1776-0.19010.53370.23650.1624-0.2534-0.56760.8025-0.1970.2934-0.05-0.03780.19870.01040.3285-36.242742.958214.7053
214.3492-1.4491-4.4093.59712.75335.34810.2933-0.63480.0610.2387-0.1464-0.31860.12540.5215-0.06170.3611-0.0886-0.09490.30290.00940.4007-30.496941.869912.8283
221.09910.0198-0.17081.122-1.03691.1586-0.3646-0.3895-0.17810.89550.25080.51650.86910.0802-0.07471.27190.19870.29040.50750.13330.5918-26.839613.250916.725
232.34660.2357-3.14571.56252.10096.9335-0.3163-0.2383-0.1944-0.475-0.01650.65741.84851.21390.09721.43310.25410.11020.49720.08260.6285-23.95517.385221.4714
243.4575-0.39590.0762.6533-2.56893.56020.052-0.3225-0.1720.21710.083-0.41430.76830.60940.41390.50340.1191-0.04490.37720.01390.3629-0.898112.076422.9387
252.3249-0.9497-0.283.26780.53981.03170.14680.7204-0.0236-1.2881-0.3818-0.7488-0.2418-0.96420.20370.04690.1022-0.18990.4429-0.12510.40590.156337.827316.7324
262.82540.97923.73127.6663-1.45565.9567-0.1929-0.0319-0.2519-0.0177-0.2245-0.45140.4276-0.04050.29470.3921-0.01620.06120.25590.02290.351113.052332.771220.9071
275.76291.3127-2.82297.2462-3.52996.40920.093-0.14810.29430.82170.1443-0.00320.0667-0.0311-0.10890.24760.0144-0.02720.2564-0.01260.28625.45834.870824.5831
283.88583.2430.72245.5717-1.3742.05140.22-1.65210.63950.5362-0.17520.5277-0.5598-0.01540.07980.259-0.04390.05410.46610.0170.23363.501436.576530.2326
294.2497-1.7284-2.3823.88891.23348.7374-0.12370.2106-0.0149-0.0084-0.28540.06290.1418-0.07020.63260.22960.039-0.05030.2199-0.0050.39486.881443.05617.2462
303.06061.0861-3.16614.7587-0.24164.3640.00740.40331.0522-0.60290.07971.0423-0.0643-0.5845-0.13580.26620.0471-0.03310.2149-0.08580.47480.143141.250320.4044
316.6646-0.24581.23524.54660.28356.3383-0.0527-0.57760.3707-0.29540.4367-0.78121.21710.181-0.41140.5330.0225-0.03240.4263-0.12830.3607-2.197316.469722.3711
327.93081.18393.40951.91151.14946.3503-0.4340.3289-0.4138-0.79820.5795-0.17410.8271-0.04240.02021.0841-0.11250.11360.32580.05210.3731-4.462710.913111.3836
330.29410.84140.03195.1626-3.35794.774-0.53390.1996-0.5412-0.66340.26640.02281.7203-0.690.0151.0509-0.1530.01190.3430.04330.5348-6.64667.299610.274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 9 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 20 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 21 through 55 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 56 through 66 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 67 through 80 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 81 through 91 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 92 through 110 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 111 through 122 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 123 through 131 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 132 through 140 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1 through 9 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 10 through 48 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 49 through 55 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 56 through 66 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 67 through 110 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 111 through 140 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 2 through 15 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 16 through 39 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 40 through 65 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 66 through 80 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 81 through 91 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 92 through 122 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 123 through 141 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 2 through 15 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 16 through 25 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 26 through 39 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 40 through 55 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 56 through 65 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 66 through 80 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 81 through 91 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 92 through 102 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 103 through 122 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 123 through 141 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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