+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ojr | ||||||
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Title | YCF48 bound to D1 peptide | ||||||
Components |
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Keywords | PHOTOSYNTHESIS / PHOTOSYSTEM II | ||||||
Function / homology | Function and homology information plasma membrane-derived thylakoid lumen / oxygen evolving activity / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity ...plasma membrane-derived thylakoid lumen / oxygen evolving activity / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis / iron ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermosynechococcus elongatus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.96 Å | ||||||
Authors | Michoux, F. / Nixon, P.J. / Murray, J.W. / Bialek, W. / Thieulin-Pardo, G. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2018 Title: Ycf48 involved in the biogenesis of the oxygen-evolving photosystem II complex is a seven-bladed beta-propeller protein. Authors: Yu, J. / Knoppova, J. / Michoux, F. / Bialek, W. / Cota, E. / Shukla, M.K. / Straskova, A. / Pascual Aznar, G. / Sobotka, R. / Komenda, J. / Murray, J.W. / Nixon, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ojr.cif.gz | 502 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ojr.ent.gz | 414.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ojr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5ojr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5ojr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2xbgC 5oj3C 5oj5SC 5ojpC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36195.535 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermosynechococcus elongatus (bacteria) Gene: tll1695 / Production host: Escherichia coli KRX (bacteria) / References: UniProt: Q8DI95 #2: Protein/peptide | Mass: 1824.964 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 335-352 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Thermosynechococcus elongatus (bacteria) / References: UniProt: Q8DIV4, photosystem II #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethylene glycol 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 13, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.96→74.95 Å / Num. obs: 85525 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→1.99 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.061 / Num. unique obs: 4040 / CC1/2: 0.499 / % possible all: 95 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5OJ5 Resolution: 1.96→74.945 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.56
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.96→74.945 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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