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万見
- PDB-5o9e: Crystal structure of the Imp4-Mpp10 complex from Chaetomium therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o9e
タイトルCrystal structure of the Imp4-Mpp10 complex from Chaetomium thermophilum
要素
  • Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein
  • Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / BRIX (Brix)
機能・相同性
機能・相同性情報


Mpp10 complex / rRNA primary transcript binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / small-subunit processome / rRNA processing / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / Mpp10 protein / U3 snoRNP protein/Ribosome production factor 1 / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.884 Å
データ登録者Kharde, S. / Ahmed, Y.L. / Sinning, I.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Mpp10 represents a platform for the interaction of multiple factors within the 90S pre-ribosome.
著者: Sa-Moura, B. / Kornprobst, M. / Kharde, S. / Ahmed, Y.L. / Stier, G. / Kunze, R. / Sinning, I. / Hurt, E.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein
B: Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6503
ポリマ－37,5882
非ポリマー621
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.890, 112.890, 44.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein


分子量: 22800.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0062900 / プラスミド: pET21g / 詳細 (発現宿主): modified pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SE90
#2: タンパク質 Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein


分子量: 14787.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0046030 / プラスミド: pETZZ1a / 詳細 (発現宿主): modified pET24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: G0S9I7
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20-30 % Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→48.883 Å / Num. obs: 26155 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 27.64 Å2 / Net I/σ(I): 9.15

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BY8

5by8


解像度: 1.884→48.883 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 1304 5 %
Rwork0.1836 --
obs0.1853 26075 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.75 Å2 / Biso mean: 35.1536 Å2 / Biso min: 14.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.884→48.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2244 0 4 136 2384
Biso mean--47.38 40.36 -
残基数----281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9353109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007405
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7481825
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8843-1.95970.35621390.30732650278997
1.9597-2.04890.24941440.239527382882100
2.0489-2.1570.23411450.20427402885100
2.157-2.29210.25411440.199927412885100
2.2921-2.46910.221450.181727582903100
2.4691-2.71750.2321450.189927482893100
2.7175-3.11070.21351460.186227792925100
3.1107-3.91890.21171460.17427682914100
3.9189-48.89920.18941500.156428492999100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.5593 Å / Origin y: 23.2614 Å / Origin z: 33.8023 Å
111213212223313233
T0.1559 Å20.0154 Å20.0003 Å2-0.1609 Å2-0.006 Å2--0.1561 Å2
L0.6142 °20.2458 °2-0.105 °2-1.6929 °2-0.6943 °2--1.0108 °2
S-0.0395 Å °0.0323 Å °0.0679 Å °0.0818 Å °-0.0494 Å °-0.1418 Å °0.0146 Å °0.0015 Å °-0.0081 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA74 - 274
2X-RAY DIFFRACTION1allB475 - 562
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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