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Yorodumi- PDB-5o7a: Quinolin-6-yloxyacetamides are microtubule destabilizing agents t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5o7a | ||||||
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Title | Quinolin-6-yloxyacetamides are microtubule destabilizing agents that bind to the colchicine site of tubulin | ||||||
Components |
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Keywords | MOTOR PROTEIN / Microtubules / Tubulin / Colchicine / Quinolin-6-yloxyacetamides | ||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.495 Å | ||||||
Authors | Sharma, A. / Olieric, N. / Steinmetz, M.O. | ||||||
Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2017 Title: Quinolin-6-Yloxyacetamides Are Microtubule Destabilizing Agents That Bind to the Colchicine Site of Tubulin. Authors: Sharma, A. / Saez-Calvo, G. / Olieric, N. / de Asis Balaguer, F. / Barasoain, I. / Lamberth, C. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5o7a.cif.gz | 871.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5o7a.ent.gz | 723.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5o7a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/5o7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/5o7a | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Non-polymers , 6 types, 143 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-ACP / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.7 Details: 10% PEG 4000, 20% glycerol, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M MES/imidazole, pH 6.7, 1 mM AMPPCP, 10 mM DTT, 0.1 mM GDP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 24, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.495→47.98 Å / Num. all: 9893 / Num. obs: 104223 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.2069 / Net I/σ(I): 13.94 |
Reflection shell | Resolution: 2.495→2.584 Å / Rmerge(I) obs: 3.31 / CC1/2: 0.231 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.495→47.979 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.34
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.495→47.979 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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