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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nze | |||||||||
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タイトル | Complex of S247N mutant variant of neuraminidase from H1N1 influenza virus with oseltamivir | |||||||||
![]() | Neuraminidase![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pachl, P. / Pokorna, J. / Hejdanek, J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Kinetic, Thermodynamic, and Structural Analysis of Drug Resistance Mutations in Neuraminidase from the 2009 Pandemic Influenza Virus. 著者: Pokorna, J. / Pachl, P. / Karlukova, E. / Hejdanek, J. / Rezacova, P. / Machara, A. / Hudlicky, J. / Konvalinka, J. / Kozisek, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 42754.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NA / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 5分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
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#5: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
-非ポリマー , 4種, 811分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/G39.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/G39.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ![]() #6: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.43 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 6.7, 8.5% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.69→49.6 Å / Num. obs: 101435 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 22.396 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.73 Å / 冗長度: 3.61 % / Rmerge(I) obs: 0.712 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6625 / CC1/2: 0.821 / Rrim(I) all: 0.7 / % possible all: 83.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3TI6 解像度: 1.69→49.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.175 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.1021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.099 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.94 Å2 / Biso mean: 16.962 Å2 / Biso min: 5.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.69→49.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.69→1.734 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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