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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5noi | ||||||
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タイトル | human Robo2 extracellular domains 4-5 | ||||||
要素 | Roundabout homolog 2 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Slit-Robo | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 olfactory bulb interneuron development / apoptotic process involved in luteolysis / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of synapse assembly / heart induction / ROBO receptors bind AKAP5 / axon guidance receptor activity / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / endocardial cushion formation ...olfactory bulb interneuron development / apoptotic process involved in luteolysis / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of synapse assembly / heart induction / ROBO receptors bind AKAP5 / axon guidance receptor activity / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / endocardial cushion formation / Signaling by ROBO receptors / pulmonary valve morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / metanephros development / aortic valve morphogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / axon midline choice point recognition / aorta development / ureteric bud development / positive regulation of axonogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / axolemma / cellular response to hormone stimulus / central nervous system development / 軸索誘導 / brain development / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / 細胞接着 / 走化性 / 細胞膜 / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Opatowsky, Y. / Barak, R. | ||||||
資金援助 | イスラエル, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017 タイトル: Robo Ig4 Is a Dimerization Domain. 著者: Yom-Tov, G. / Barak, R. / Matalon, O. / Barda-Saad, M. / Guez-Haddad, J. / Opatowsky, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5noi.cif.gz | 89.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5noi.ent.gz | 68.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5noi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/5noi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/5noi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21687.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROBO2, KIAA1568 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HCK4 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.26 % / 解説: pyramid |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.1M NaCl, 11-13% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.008818 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.008818 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→38.8 Å / Num. obs: 12530 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Net I/σ(I): 21.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4C4K, 2EDJ 解像度: 2.4→38.8 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.17
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 99.9705 Å / Origin y: 102.0444 Å / Origin z: 131.1448 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |