+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4c4k | ||||||
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Title | Crystal structure of the titin M10-Obscurin Ig domain 1 complex | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / SARCOMERE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / LIMB-GIRDLE MUSCULAR DYSTROPHY | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein localization to M-band / sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis ...protein localization to M-band / sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / actinin binding / M band / I band / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / structural constituent of muscle / ankyrin binding / sarcomere organization / myofibril / NRAGE signals death through JNK / RHOQ GTPase cycle / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / RHOA GTPase cycle / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / titin binding / protein kinase A signaling / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / condensed nuclear chromosome / muscle contraction / positive regulation of protein secretion / sarcolemma / Z disc / response to calcium ion / : / G alpha (12/13) signalling events / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / nuclear body / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Gautel, M. / Steiner, R.A. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2015 Title: The Crystal Structure of the Human Titin:Obscurin Complex Reveals a Conserved Yet Specific Muscle M-Band Zipper Module. Authors: Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Pandini, A. / Holt, M. / Kleinjung, J. / Gautel, M. / Steiner, R.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4c4k.cif.gz | 93.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4c4k.ent.gz | 72 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4c4k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/4c4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/4c4k | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4uowC 2wp3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10373.669 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: FIRST IG DOMAIN, RESIDUES 9-103 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA 2 References: UniProt: Q5VST9, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||
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#2: Protein | Mass: 10981.231 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: M10 DOMAIN, RESIDUES 34252-34350 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA 2 References: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | INITIAL GSS IS DERIVED FROM VECTOR AFTER TEV CLEAVAGE | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.5 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8.5 Details: 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 30% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9686 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 6, 2012 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9686 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→35.7 Å / Num. obs: 15005 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 31.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2WP3 Resolution: 1.95→17.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9549 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9429 / SU R Cruickshank DPI: 0.146 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
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Displacement parameters |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.222 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→17.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2.08 Å / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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