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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5njj | ||||||
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タイトル | PTB domain of human Numb isoform-1 | ||||||
要素 |
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キーワード | ENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / PTB domain / Numb / breast cancer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuroblast division in subventricular zone / lateral ventricle development / alpha-catenin binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / negative regulation of protein localization to plasma membrane / adherens junction organization / クラスリン / positive regulation of neurogenesis / Recycling pathway of L1 / クラスリン ...neuroblast division in subventricular zone / lateral ventricle development / alpha-catenin binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / negative regulation of protein localization to plasma membrane / adherens junction organization / クラスリン / positive regulation of neurogenesis / Recycling pathway of L1 / クラスリン / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / 軸索誘導 / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog 'on' state / beta-catenin binding / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / エンドソーム / endosome membrane / positive regulation of cell migration / cadherin binding / focal adhesion / glutamatergic synapse / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Mapelli, M. / Di Fiore, P.P. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Cell Biol. / 年: 2018 タイトル: A Numb-Mdm2 fuzzy complex reveals an isoform-specific involvement of Numb in breast cancer. 著者: Colaluca, I.N. / Basile, A. / Freiburger, L. / D'Uva, V. / Disalvatore, D. / Vecchi, M. / Confalonieri, S. / Tosoni, D. / Cecatiello, V. / Malabarba, M.G. / Yang, C.J. / Kainosho, M. / ...著者: Colaluca, I.N. / Basile, A. / Freiburger, L. / D'Uva, V. / Disalvatore, D. / Vecchi, M. / Confalonieri, S. / Tosoni, D. / Cecatiello, V. / Malabarba, M.G. / Yang, C.J. / Kainosho, M. / Sattler, M. / Mapelli, M. / Pece, S. / Di Fiore, P.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5njj.cif.gz | 245 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5njj.ent.gz | 201.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5njj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/5njj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/5njj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17927.674 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUMB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P49757 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 875.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TYR at position 6 is phosphorylated / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25 % PEG 3350, 0.2 M Lithium Sulfate, and 0.1 M Bis-Tris pH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 22466 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.0966 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3FOW 解像度: 2.7→39.573 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.68
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.573 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -50.2885 Å / Origin y: -23.656 Å / Origin z: 29.9027 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |