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- PDB-5ncn: Crystal structure Dbf2(NTR)-Mob1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ncn
タイトルCrystal structure Dbf2(NTR)-Mob1 complex
要素
  • Cell cycle protein kinase DBF2細胞周期
  • DBF2 kinase activator protein MOB1
キーワードSIGNALING PROTEIN / kinase (キナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Sid2-Mob1 complex / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / 有糸分裂 / mitotic spindle pole body / kinase regulator activity / serine/threonine protein kinase complex / regulation of exit from mitosis / cellular bud neck / exit from mitosis ...: / Sid2-Mob1 complex / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / 有糸分裂 / mitotic spindle pole body / kinase regulator activity / serine/threonine protein kinase complex / regulation of exit from mitosis / cellular bud neck / exit from mitosis / vacuolar acidification / spindle pole body / protein kinase activator activity / chromosome, centromeric region / mitotic cytokinesis / nuclear periphery / regulation of cytokinesis / regulation of protein localization / peptidyl-serine phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / 細胞分裂 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / シグナル伝達 / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal ...MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Cell cycle protein kinase DBF2 / DBF2 kinase activator protein MOB1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.501 Å
データ登録者Gogl, G. / Remenyi, A. / Parker, B. / Weiss, E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Ndr/Lats Kinases Bind Specific Mob-Family Coactivators through a Conserved and Modular Interface.
著者: Parker, B.W. / Gogl, G. / Balint, M. / Hetenyi, C. / Remenyi, A. / Weiss, E.L.
履歴
登録2017年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DBF2 kinase activator protein MOB1
B: Cell cycle protein kinase DBF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3047
ポリマ－38,9182
非ポリマー3865
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area14020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.620, 108.620, 135.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

PO4

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要素

#1: タンパク質 DBF2 kinase activator protein MOB1 / MPS1 binder 1 / Maintenance of ploidy protein MOB1


分子量: 27584.428 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 79-314 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MOB1, YIL106W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40484
#2: タンパク質 Cell cycle protein kinase DBF2 / 細胞周期 / Dumbbell forming protein 2


分子量: 11334.040 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 85-173 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DBF2, YGR092W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P22204, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Bicine/Tris, 30mM LiCl, 30mM NaCl, 30mM KCl, 30mM RbCl, 12.5% (w/v) PEG1000, 12.5% (w/v) PEG3350, 12.5% (v/v) MPD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→44.423 Å / Num. obs: 6385 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.6 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.75 / Net I/σ(I): 9.34
反射 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / 冗長度: 25.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / CC1/2: 0.791 / Rrim(I) all: 3.69 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2420: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BRK

5brk


解像度: 3.501→44.423 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 322 5.07 %
Rwork0.2179 --
obs0.2199 6350 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.501→44.423 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2024 0 17 0 2041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7562841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.412751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5009-4.41010.28921630.24172915X-RAY DIFFRACTION100
4.4101-44.42640.23921590.20463113X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54751.4587-2.16713.6293-2.99613.52310.9246-0.2287-0.80631.22830.6248-0.41-1.07570.51070.59481.0595-0.0391-0.17320.9345-0.21870.7042-27.9219-37.9056-16.807
20.0424-0.0236-0.02090.0339-0.02230.02-0.1010.35670.2102-0.17240.4481-0.08610.16110.0574-01.4729-0.21010.24270.8537-0.00470.7818-27.6084-22.653-20.2485
30.23360.5289-0.27730.5061-0.15420.2599-0.22940.7056-0.5082-0.4440.2474-0.127-0.1544-0.575-0.01410.6712-0.1052-0.01360.2340.07950.5864-31.0405-27.2951-2.8616
40.1428-0.0872-0.04820.0513-0.01050.0486-0.6822-0.82250.5394-1.01150.11830.31830.6995-0.452500.869-0.0751-0.06230.68830.06570.7676-31.7465-37.093917.7365
50.5099-0.08-0.4652-0.02140.07310.37150.02160.3343-0.2818-0.4638-0.1569-0.1328-0.2877-0.4483-00.5162-0.00950.03980.50730.05150.6128-17.8774-29.816115.1775
60.0930.0495-0.07070.06920.12170.28430.28670.20710.3584-0.2034-0.5826-0.24020.00520.444300.5439-0.0839-0.07850.479-0.04420.5707-27.7573-22.59518.9802
70.0713-0.01820.11310.3859-0.17710.1320.09860.59760.6529-0.137-0.2292-0.91040.14240.215800.68910.06440.11380.5230.04240.6335-26.4033-12.904-6.0706
81.5793-1.0453-0.92870.3710.29520.7809-0.05380.1191-0.2841-0.6255-0.0822-0.67930.49460.0463-0.00260.4699-0.0545-0.0110.3476-0.06590.4789-24.3516-36.11430.4607
90.00410.01980.00550.01880.02240.013-0.1832-0.1146-0.9876-0.21761.01120.42920.60680.4811-01.30950.04630.21961.31550.60221.5703-17.6478-43.8984-5.3785
101.4429-0.2663-1.05431.44620.09541.0401-0.04830.1648-0.5648-0.4661-0.4899-0.0653-0.73310.5683-0.35280.6816-0.0108-0.11660.4867-0.05320.5121-39.4462-31.3636-13.0847
110.0216-0.02620.0050.00340.0017-0.00610.5553-0.55170.34960.87240.21520.50890.16010.559-01.9759-0.1747-0.02691.3377-0.21811.0527-32.6517-13.6882-42.0989
121.0063-0.2363-0.69250.2434-0.12040.61320.2209-0.38990.1067-0.52670.13010.06790.24650.65370.01331.2080.0153-0.11930.49140.08710.691-35.2253-16.21-19.713
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 137 through 146 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 147 through 152 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 153 through 174 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 175 through 184 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 185 through 209 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 210 through 225 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 226 through 247 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 248 through 305 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 306 through 312 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 97 through 138 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 139 through 148 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 149 through 172 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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