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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nc4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) in complex with protochelin from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | Ferric enterobactin receptor | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / PfeA / PA2688 / outer membrane receptor / protochelin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enterobactin transmembrane transporter activity / enterobactin transport / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / siderophore transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / outer membrane / enterobactin binding / cell outer membrane / signaling receptor activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Moynie, L. / Naismith, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: The complex of ferric-enterobactin with its transporter from Pseudomonas aeruginosa suggests a two-site model. 著者: Moynie, L. / Milenkovic, S. / Mislin, G.L.A. / Gasser, V. / Malloci, G. / Baco, E. / McCaughan, R.P. / Page, M.G.P. / Schalk, I.J. / Ceccarelli, M. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nc4.cif.gz | 289.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nc4.ent.gz | 236.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nc4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78744.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: pfeA, PA2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05098 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-8T2 / ~{ |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.66 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000, ADA, Magnesium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→157.35 Å / Num. obs: 26955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.813 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 245 / CC1/2: 0.867 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5M9K 5m9k 解像度: 2.8→78.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.871 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 34.381 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.726 / ESU R Free: 0.345 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 110.265 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.8→78.68 Å
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拘束条件 |
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