PDB-5n8e: CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTAVIDIN WITH PEPTIDE RDPAPAWAHGGG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n8e

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTAVIDIN WITH PEPTIDE RDPAPAWAHGGG

要素

ARG-ASP-PRO-ALA-PRO-ALA-TRP-ALA-HIS-GLY-GLY-GLY-NH2
Streptavidinストレプトアビジン

キーワード

BIOTIN BINDING PROTEIN /

STREPTAVIDIN (ストレプトアビジン) / STREPTAVIDIN PEPTIDE 11101 COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Lyamichev, V. / Goodrich, L. / Sullivan, E. / Bannen, R. / Benz, J. / Albert, T. / Patel, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Stepwise Evolution Improves Identification of Diverse Peptides Binding to a Protein Target.
著者: Lyamichev, V.I. / Goodrich, L.E. / Sullivan, E.H. / Bannen, R.M. / Benz, J. / Albert, T.J. / Patel, J.J.

履歴

登録	2017年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n8e.cif.gz	238.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n8e.ent.gz	200.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n8e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n7xC 5n89C 5n8bC 5n8jC 5n8tC 5n8wC 5n99C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5b5f-d 5b5g-d 1nc9-d 2izc-1 6s50-d 1kl5-d 1kff-d 1swe-d 4bx5-d 5j4u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

E: ARG-ASP-PRO-ALA-PRO-ALA-TRP-ALA-HIS-GLY-GLY-GLY-NH2

F: ARG-ASP-PRO-ALA-PRO-ALA-TRP-ALA-HIS-GLY-GLY-GLY-NH2

H: ARG-ASP-PRO-ALA-PRO-ALA-TRP-ALA-HIS-GLY-GLY-GLY-NH2

ヘテロ分子

79 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.810, 84.733, 58.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptavidin / ストレプトアビジン分子量: 18849.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: タンパク質・ペプチド	ARG-ASP-PRO-ALA-PRO-ALA-TRP-ALA-HIS-GLY-GLY-GLY-NH2 分子量: 1191.280 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.2M Ammonium acetate 0.1M Sodium acetate pH 4 15% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99992 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99992 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→57.8 Å / Num. obs: 167056 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.17 % / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.031 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.1→1.2 Å / Num. unique obs: 37631 / CC_1/2: 0.388 / R_sym value: 0.28 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
SADABS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.1→57.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 0.821 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15291	8727	5 %	RANDOM
R_work	0.13462	-	-	-
obs	0.13551	167056	96.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.813 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	-0 Å²	0.39 Å²
2-	-	-0.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.1→57.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3834	0	2	637	4473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	4242
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.332	1.895	5871
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.869	3	8498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.01	5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.849	23.616	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.396	15	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.213	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	965
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.891	1.232	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.89	1.232	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.207	1.846	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.206	1.846	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.995	1.348	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.995	1.348	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.235	2.997	3097
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.169	15.919	5054
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.825	15.023	4888
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.978	3	7898
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	19.362	5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.306	5	7992

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	553	-
R_work	0.19	10899	-
obs	-	-	85.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0058	0.0042	-0.0107	0.0197	0.0078	0.0377	0.0004	-0.0005	-0.0013	-0.0007	0.0009	-0.0017	-0.001	0.0021	-0.0013	0.0133	-0.0015	-0.0013	0.0124	-0.0005	0.0034	4.8974	2.9517	60.132
2	0.0269	-0.0242	-0.0102	0.0448	0.0286	0.0561	-0.0023	0.0013	-0.0026	0.0079	-0.002	0.0004	0.0113	-0.0075	0.0043	0.018	-0.0027	0.0005	0.0129	-0.0001	0.0011	-4.2426	-12.2097	38.7029
3	0.0108	0.006	0.0012	0.0173	-0.0175	0.0547	-0.0029	0.002	0.001	0.0008	0.0017	-0.0018	-0.0016	-0.0014	0.0012	0.016	-0.0008	-0.0009	0.0128	-0.0001	0.0016	6.9187	-4.397	28.9643
4	0.0365	0.0021	-0.0039	0.0117	-0.0076	0.0115	0	0.0006	0.0037	0.0007	-0.0017	-0.0001	0.0011	0.0007	0.0017	0.0149	-0.0011	-0.0003	0.0138	-0.0011	0.0017	4.8246	15.8407	48.8726
5	0.5218	0.4785	-0.0317	0.4474	0.0461	0.7246	-0.0128	0.0148	0.0277	-0.0202	0.012	0.026	-0.0292	-0.0247	0.0008	0.0221	0.0016	-0.0028	0.0113	0.0006	0.0022	-6.7573	15.8008	42.8048
6	0.268	-0.1811	0.2229	0.689	-0.4105	0.8355	0.004	0.0122	0.0058	-0.0114	-0.0101	-0.0045	-0.0056	0.0449	0.006	0.0143	-0.0013	0.0009	0.0163	-0.0025	0.0008	17.5051	-3.9436	34.3854
7	0.5215	0.2909	-0.0803	0.2882	-0.1769	0.1512	-0.0037	-0.0188	-0.011	-0.0047	-0.0054	-0.0101	0.0011	0.0028	0.0092	0.0159	0.0003	-0.0014	0.0142	0.0004	0.0019	12.391	-4.4706	56.9617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	15 - 136
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	15 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	16 - 135
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 13
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 13
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	2 - 13

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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