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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n88 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of antibody bound to viral protein | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / MLL: HIV: intracellular antibody: integrase: LEDGF / AIDS (後天性免疫不全症候群) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン ...supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン / nuclear periphery / ユークロマチン / response to heat / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / クロマチンリモデリング / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Bao, L. / Hannon, C. / Cruz-Migoni, A. / Ptchelkine, D. / Sun, M.-y. / Derveni, M. / Bunjobpol, W. / Chambers, J.S. / Simmons, A. / Phillips, S.E.V. / Rabbitts, T.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Intracellular immunization against HIV infection with an intracellular antibody that mimics HIV integrase binding to the cellular LEDGF protein. 著者: Bao, L. / Hannon, C. / Cruz-Mignoni, A. / Ptchelkine, D. / Sun, M.Y. / Miller, A. / Bunjobpol, W. / Quevedo, C.E. / Derveni, M. / Chambers, J. / Simmons, A. / Phillips, S.E.V. / Rabbitts, T.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5n88.cif.gz | 96.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5n88.ent.gz | 77.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5n88.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n88 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13886.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1 / プラスミド: pRK-172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 #2: タンパク質 | | 分子量: 9310.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2 / プラスミド: pRK-172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O75475 #3: タンパク質 | | 分子量: 9340.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2 / プラスミド: pRK-172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O75475 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.83 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 25.0% PEG 3350, 10mM Tris pH8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→15 Å / Num. obs: 115544 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.73 % / Net I/σ(I): 2.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→14.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 3.29 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: Refmac5
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.12 Å2 / Biso mean: 20.012 Å2 / Biso min: 7.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→14.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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