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- PDB-5ms4: Kallikrein-related peptidase 8 leupeptin inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ms4
タイトルKallikrein-related peptidase 8 leupeptin inhibitor complex
要素
  • Kallikrein-8カリクレイン
  • LEUPEPTINロイペプチン
キーワードHydrolase/Inhibitor / trypsin-like serine protease / aldehyde inhibitor / Ca2+ complex / synaptic remodeling / Hydrolase-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


kallikrein 8 / Formation of the cornified envelope / regulation of synapse organization / keratinocyte proliferation / serine protease inhibitor complex / neuron projection morphogenesis / 記憶 / response to wounding / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 ...kallikrein 8 / Formation of the cornified envelope / regulation of synapse organization / keratinocyte proliferation / serine protease inhibitor complex / neuron projection morphogenesis / 記憶 / response to wounding / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ロイペプチン / Tert-ブチルアルコール / Kallikrein-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Debela, M. / Magdolen, V. / Skala, W. / Bode, W. / Brandstetter, H. / Goettig, P.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP25003-B21 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural determinants of specificity and regulation of activity in the allosteric loop network of human KLK8/neuropsin.
著者: Debela, M. / Magdolen, V. / Skala, W. / Elsasser, B. / Schneider, E.L. / Craik, C.S. / Biniossek, M.L. / Schilling, O. / Bode, W. / Brandstetter, H. / Goettig, P.
履歴
登録2016年12月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02019年9月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_ligand_distance / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2
改定 2.12019年10月9日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallikrein-8
B: Kallikrein-8
C: Kallikrein-8
D: Kallikrein-8
E: LEUPEPTIN
F: LEUPEPTIN
G: LEUPEPTIN
H: LEUPEPTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,03915
ポリマ－99,6578
非ポリマー3837
水20,4831137
1
A: Kallikrein-8
E: LEUPEPTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1776
ポリマ－24,9142
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kallikrein-8
F: LEUPEPTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9543
ポリマ－24,9142
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Kallikrein-8
G: LEUPEPTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9543
ポリマ－24,9142
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Kallikrein-8
H: LEUPEPTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9543
ポリマ－24,9142
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.103, 46.045, 103.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Kallikrein-8 / カリクレイン / hK8 / Neuropsin / NP / Ovasin / Serine protease 19 / Serine protease TADG-14 / Tumor-associated ...hK8 / Neuropsin / NP / Ovasin / Serine protease 19 / Serine protease TADG-14 / Tumor-associated differentially expressed gene 14 protein


分子量: 24484.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK8, NRPN, PRSS19, TADG14, UNQ283/PRO322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60259, kallikrein 8
#2: タンパク質・ペプチド
LEUPEPTIN / ロイペプチン / ロイペプチン


タイプ: Oligopeptideオリゴペプチド / クラス: 酵素阻害剤酵素阻害剤 / 分子量: 429.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: ロイペプチン
#3: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル / Tert-ブチルアルコール


分子量: 74.122 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 35% (v/v) tert-Butanol, 0.1 M tri-Na citrate/citric acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月8日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.72
反射解像度: 2.1→103.318 Å / Num. obs: 45164 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.178 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 93.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å65.53 Å
Translation2.5 Å65.53 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→65.53 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.38 / 位相誤差: 28.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 2354 5.21 %
Rwork0.212 --
obs0.239 45152 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→65.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6844 0 134 1137 8115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047164
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7719746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4812696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481043
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1002-2.14580.27011220.26512486X-RAY DIFFRACTION88
2.1458-2.19570.34031450.26742564X-RAY DIFFRACTION88
2.1957-2.25060.31481490.26152516X-RAY DIFFRACTION88
2.2506-2.31140.26591300.26252600X-RAY DIFFRACTION90
2.3114-2.37940.32171440.2582575X-RAY DIFFRACTION91
2.3794-2.45610.31421460.24472639X-RAY DIFFRACTION92
2.4561-2.54380.32241470.25262661X-RAY DIFFRACTION93
2.5438-2.64560.31451340.25172698X-RAY DIFFRACTION94
2.6456-2.76590.29861690.24742698X-RAY DIFFRACTION94
2.7659-2.91160.29251300.24952723X-RAY DIFFRACTION95
2.9116-3.09370.29061450.23642743X-RAY DIFFRACTION95
3.0937-3.33220.27751580.22762738X-RAY DIFFRACTION95
3.3322-3.66680.26051250.22042766X-RAY DIFFRACTION96
3.6668-4.19570.25721500.21172774X-RAY DIFFRACTION95
4.1957-5.27950.26031310.20212780X-RAY DIFFRACTION95
5.2795-26.91590.28061620.24042873X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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