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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mlj | ||||||
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タイトル | Bromodomain of Human GCN5 with 4-bromo-2-methyl-5-(((3R,5R)-1-methyl-5-phenylpiperidin-3-yl)amino)pyridazin-3(2H)-one | ||||||
要素 | Histone acetyltransferase KAT2A | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / HISTONE (ヒストン) / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN (ブロモドメイン) / GCN5 / KAT2A / ANTAGONIST (受容体拮抗薬) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone succinyltransferase activity / peptidyl-lysine glutarylation / histone glutaryltransferase activity / metencephalon development / positive regulation of cell projection organization / regulation of cartilage development / : / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation ...histone succinyltransferase activity / peptidyl-lysine glutarylation / histone glutaryltransferase activity / metencephalon development / positive regulation of cell projection organization / regulation of cartilage development / : / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / regulation of stem cell population maintenance / regulation of bone development / regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of centriole replication / transcription factor TFTC complex / telencephalon development / histone H3 acetyltransferase activity / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K18 acetyltransferase activity / ATAC complex / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Cardiogenesis / SAGA complex / RUNX3 regulates NOTCH signaling / limb development / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of T cell activation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of tubulin deacetylation / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / midbrain development / intracellular distribution of mitochondria / Notch-HLH transcription pathway / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / Formation of paraxial mesoderm / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of RNA splicing / regulation of embryonic development / histone acetyltransferase complex / negative regulation of gluconeogenesis / long-term memory / regulation of DNA repair / somitogenesis / histone acetyltransferase activity / positive regulation of gluconeogenesis / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to nutrient levels / cellular response to nerve growth factor stimulus / neural tube closure / 糖新生 / positive regulation of cytokine production / multicellular organism growth / regulation of protein stability / regulation of synaptic plasticity / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / response to organic cyclic compound / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / 紡錘体 / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / histone deacetylase binding / cellular response to tumor necrosis factor / heart development / HATs acetylate histones / fibroblast proliferation / protein phosphatase binding / DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / クロマチンリモデリング / 中心体 / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Chung, C.-W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017 タイトル: Discovery of a Potent, Cell Penetrant, and Selective p300/CBP-Associated Factor (PCAF)/General Control Nonderepressible 5 (GCN5) Bromodomain Chemical Probe. 著者: Humphreys, P.G. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Craggs, P.D. / Gordon, L. / Grandi, P. / Hayhow, T.G. / Hussain, J. / Jones, K.L. / Lindon, M. / Michon, A.M. / Renaux, J.F. / Suckling, C.J. ...著者: Humphreys, P.G. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Craggs, P.D. / Gordon, L. / Grandi, P. / Hayhow, T.G. / Hussain, J. / Jones, K.L. / Lindon, M. / Michon, A.M. / Renaux, J.F. / Suckling, C.J. / Tough, D.F. / Prinjha, R.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mlj.cif.gz | 68.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mlj.ent.gz | 49.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mlj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/5mlj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/5mlj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13287.313 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAT2A, GCN5, GCN5L2, HGCN5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q92830, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97626 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→38.84 Å / Num. obs: 22545 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / % possible all: 73 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→38.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.336 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.319 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.84 Å
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拘束条件 |
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