[日本語] English
万見
- PDB-5a7c: Crystal structure of the second bromodomain of human BRD3 in comp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a7c
タイトルCrystal structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with compound
要素BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / BRD3 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 3 / RING3-LIKE PROTEIN / BRD3 DOMAIN 2
機能・相同性
機能・相同性情報


lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / lysine-acetylated histone binding / chromatin organization / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核
類似検索 - 分子機能
NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. ...NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE / Bromodomain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Welin, M. / Kimbung, R. / Diehl, C. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Walse, B.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2016
タイトル: Cancer Differentiating Agent Hexamethylene Bisacetamide Inhibits Bet Bromodomain Proteins.
著者: Nilsson, L.M. / Green, L.C. / Muralidharan, S.V. / Demir, D. / Welin, M. / Bhadury, J. / Logan, D.T. / Walse, B. / Nilsson, J.A.
履歴
登録2015年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3
B: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3
C: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3
D: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,34113
ポリマ－53,2304
非ポリマー1,1119
水6,593366
1
A: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6324
ポリマ－13,3071
非ポリマー3243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5703
ポリマ－13,3071
非ポリマー2622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5703
ポリマ－13,3071
非ポリマー2622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5703
ポリマ－13,3071
非ポリマー2622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.365, 92.013, 64.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYMETMETAA306 - 4153 - 112
21GLYGLYMETMETBB306 - 4153 - 112
12LEULEUMETMETAA308 - 4155 - 112
22LEULEUMETMETCC308 - 4155 - 112
13LEULEUMETMETAA308 - 4155 - 112
23LEULEUMETMETDD308 - 4155 - 112
14LEULEUMETMETBB308 - 4155 - 112
24LEULEUMETMETCC308 - 4155 - 112
15LEULEUMETMETBB308 - 4155 - 112
25LEULEUMETMETDD308 - 4155 - 112
16LEULEUPROPROCC308 - 4165 - 113
26LEULEUPROPRODD308 - 4165 - 113

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.582, -0.679, 0.448), (-0.668, -0.713, -0.214), (0.464, -0.174, -0.868)-24.627, -18.204, 58.751
2given(0.582, -0.679, 0.448), (-0.668, -0.713, -0.214), (0.464, -0.174, -0.868)-24.627, -18.204, 58.751
3given(-0.668, 0.669, 0.327), (0.679, 0.727, -0.101), (-0.306, 0.155, -0.94)11.39, -30.85, 112.24

-
要素

#1: タンパク質
BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3 / / RING3-LIKE PROTEIN


分子量: 13307.399 Da / 分子数: 4 / 断片: BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): T1R PRARE2 / 参照: UniProt: Q15059
#2: 化合物
ChemComp-5D4 / N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE / ヘキサメチレンビスアセトアミド


分子量: 200.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20N2O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.56 Å / Num. obs: 47219 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3S92

3s92


解像度: 1.9→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 4.846 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25558 2311 4.9 %RANDOM
Rwork0.22813 ---
obs0.22947 44884 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.218 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å20.24 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3650 0 76 366 4092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193837
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.023646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.651.9745148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.50138423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9455439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64122.963189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73615674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8011528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02907
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4941.7511765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4941.7521766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2912.6252213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2772.6252211
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.532.0932071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.532.0932071
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.03132936
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.53114.744851
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.5314.7434852
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A134080.06
12B134080.06
21A134060.04
22C134060.04
31A132900.06
32D132900.06
41B131300.06
42C131300.06
51B133160.04
52D133160.04
61C133620.06
62D133620.06
LS精密化 シェル最高解像度: 1.902 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 158 -
Rwork0.402 3163 -
obs--94.72 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る