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- PDB-5mkm: Crystal Structure of Two-Domain Laccase mutant H165F from Strepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mkm
タイトルCrystal Structure of Two-Domain Laccase mutant H165F from Streptomyces griseoflavus
要素Two-domain laccase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Two-Domain Laccase / laccase (ラッカーゼ) / Streptomyces griseoflavus
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / ラッカーゼ / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence ...Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / 酸素 / OXYGEN MOLECULE / Two-domain laccase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseoflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.996 Å
データ登録者Gabdulkhakov, A.G. / Tishchenko, T.V.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Investigations of Accessibility of T2/T3 Copper Center of Two-Domain Laccase fromStreptomyces griseoflavusAc-993.
著者: Gabdulkhakov, A. / Kolyadenko, I. / Kostareva, O. / Mikhaylina, A. / Oliveira, P. / Tamagnini, P. / Lisov, A. / Tishchenko, S.
履歴
登録2016年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-domain laccase
B: Two-domain laccase
C: Two-domain laccase
D: Two-domain laccase
E: Two-domain laccase
F: Two-domain laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,73526
ポリマ－208,5646
非ポリマー1,17120
水5,116284
1
A: Two-domain laccase
B: Two-domain laccase
C: Two-domain laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,77312
ポリマ－104,2823
非ポリマー4919
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11210 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area27450 Å2
手法PISA
2
D: Two-domain laccase
E: Two-domain laccase
F: Two-domain laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,96114
ポリマ－104,2823
非ポリマー67911
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11710 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area27260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.884, 95.075, 116.821
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Two-domain laccase


分子量: 34760.664 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseoflavus (バクテリア)
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M4FJ81, ラッカーゼ

-
非ポリマー , 7種, 304分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水 / 酸素


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M Bicine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.980583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.996→50 Å / Num. obs: 206927 / % possible obs: 80.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.29 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.41
反射 シェル解像度: 1.996→2.12 Å / 冗長度: 2.06 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / CC1/2: 0.69 / % possible all: 78.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LHL

5lhl


解像度: 1.996→49.767 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 26.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 3565 1.99 %
Rwork0.1997 --
obs0.2004 178976 80.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.996→49.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12736 0 37 284 13057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92817937
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9744706
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061832
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062395
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9964-2.02370.35911170.31945785X-RAY DIFFRACTION66
2.0237-2.05260.32771550.30496859X-RAY DIFFRACTION79
2.0526-2.08330.37521150.29157462X-RAY DIFFRACTION86
2.0833-2.11580.32971410.28627417X-RAY DIFFRACTION85
2.1158-2.15050.3421990.27967348X-RAY DIFFRACTION85
2.1505-2.18760.30991360.27747414X-RAY DIFFRACTION85
2.1876-2.22740.32641730.27617272X-RAY DIFFRACTION84
2.2274-2.27020.36081490.25797300X-RAY DIFFRACTION84
2.2702-2.31650.29411160.24947300X-RAY DIFFRACTION83
2.3165-2.36690.27041000.22787081X-RAY DIFFRACTION81
2.3669-2.4220.25111140.22077117X-RAY DIFFRACTION82
2.422-2.48250.26251440.22117306X-RAY DIFFRACTION84
2.4825-2.54970.2571660.22077206X-RAY DIFFRACTION83
2.5497-2.62470.27791370.22027189X-RAY DIFFRACTION82
2.6247-2.70940.26771370.21847229X-RAY DIFFRACTION82
2.7094-2.80620.25791760.21266982X-RAY DIFFRACTION81
2.8062-2.91860.24231610.19886773X-RAY DIFFRACTION78
2.9186-3.05140.25591290.19787058X-RAY DIFFRACTION81
3.0514-3.21220.22331200.1957053X-RAY DIFFRACTION81
3.2122-3.41340.17761360.1826977X-RAY DIFFRACTION80
3.4134-3.67690.1911730.16866778X-RAY DIFFRACTION78
3.6769-4.04680.21781500.1626666X-RAY DIFFRACTION77
4.0468-4.6320.15371350.146804X-RAY DIFFRACTION79
4.632-5.83440.17551620.14926541X-RAY DIFFRACTION75
5.8344-49.78210.18741240.17126494X-RAY DIFFRACTION75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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