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- PDB-5mgt: Complex of human NKR-P1 and LLT1 in deglycosylated forms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mgt
タイトルComplex of human NKR-P1 and LLT1 in deglycosylated forms
要素
  • C-type lectin domain family 2 member D
  • Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / receptor (受容体) / CTL fold / natural killer cell (ナチュラルキラー細胞) / receptor-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signaling receptor activity / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / 細胞膜 / 小胞体 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1 / C-type lectin domain family 2 member D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Blaha, J. / Skalova, T. / Stransky, J. / Koval, T. / Hasek, J. / Yuguang, Z. / Harlos, K. / Vanek, O. / Dohnalek, J.
資金援助 チェコ, 2件
組織認可番号国
Czech Science Foundation15-15181S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLG14009 チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the human NK cell NKR-P1:LLT1 receptor:ligand complex reveals clustering in the immune synapse.
著者: Blaha, J. / Skalova, T. / Kalouskova, B. / Skorepa, O. / Cmunt, D. / Grobarova, V. / Pazicky, S. / Polachova, E. / Abreu, C. / Stransky, J. / Koval, T. / Duskova, J. / Zhao, Y. / Harlos, K. / ...著者: Blaha, J. / Skalova, T. / Kalouskova, B. / Skorepa, O. / Cmunt, D. / Grobarova, V. / Pazicky, S. / Polachova, E. / Abreu, C. / Stransky, J. / Koval, T. / Duskova, J. / Zhao, Y. / Harlos, K. / Hasek, J. / Dohnalek, J. / Vanek, O.
履歴
登録2016年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年3月8日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 2 member D
B: C-type lectin domain family 2 member D
C: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1
D: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1
E: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1
F: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,18026
ポリマ－99,8186
非ポリマー3,36220
水12,448691
1
A: C-type lectin domain family 2 member D
B: C-type lectin domain family 2 member D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,65410
ポリマ－31,3852
非ポリマー1,2698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1
D: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3299
ポリマ－34,2172
非ポリマー1,1127
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1
F: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1987
ポリマ－34,2172
非ポリマー9815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.580, 80.150, 272.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 C-type lectin domain family 2 member D / Lectin-like transcript 1 / LLT-1 / Osteoclast inhibitory lectin


分子量: 15692.363 Da / 分子数: 2 / 変異: H176C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NATURAL KILLER CELLS, ACTIVATED MONOCYTES, B-CELLS / 遺伝子: CLEC2D, CLAX, LLT1, OCIL / プラスミド: pTT28 / 詳細 (発現宿主): pTT28 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): Human embryonic kidney / 参照: UniProt: Q9UHP7
#2: タンパク質
Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1 / C-type lectin domain family 5 member B / HNKR-P1a / NKR-P1A / Natural killer cell surface protein P1A


分子量: 17108.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NATURAL KILLER CELLS, NKT CELLS, TH17 CELLS / 遺伝子: KLRB1, CLEC5B, NKRP1A / プラスミド: pOPINGGTneo / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): Human embryonic kidney / 参照: UniProt: Q12918

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糖 , 1種, 12分子

#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 699分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 % / 解説: A tetragonal crystal with dimensions 30, 30, 80 um
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.200 M Ammonium Sulphate, 20 %w/v Polyethylene Glycol MME 5000, 0.1 M Tris pH 7.5, total protein concentration 8 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→76.91 Å / Num. obs: 78617 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.976 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 4472 / CC1/2: 0.89 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BPD

2bpd


解像度: 1.9→76.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / SU B: 2.033 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 3915 5 %random
Rwork0.162 ---
obs0.162 78515 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→76.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6027 0 204 691 6922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.026527
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8111.9588896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.053313607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.7935.091769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.86224.892325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.223151117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2941534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021587
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5262.2262983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5262.2252982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6353.3113731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6353.3133732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6272.7313544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5982.7023517
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6793.8885107
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.98219.6427847
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.77319.0187527
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 268 5 %
Rwork0.23 5763 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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