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万見
- PDB-5mds: Crystal structure of outer membrane expressed Chitoporin VhChip f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mds
タイトルCrystal structure of outer membrane expressed Chitoporin VhChip from Vibrio harveyi in complex with chitotetraose
要素Chitoporin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / outer membrane protein Vibrio harveyi porin channel
機能・相同性Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin domain superfamily / porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / Chitoporin
機能・相同性情報
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zahn, M. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for chitin acquisition by marine Vibrio species.
著者: Aunkham, A. / Zahn, M. / Kesireddy, A. / Pothula, K.R. / Schulte, A. / Basle, A. / Kleinekathofer, U. / Suginta, W. / van den Berg, B.
履歴
登録2016年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitoporin
B: Chitoporin
C: Chitoporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0996
ポリマ－115,6073
非ポリマー2,4923
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15220 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area40460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)250.010, 145.047, 55.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 10 - 350 / Label seq-ID: 10 - 350

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Chitoporin


分子量: 38535.668 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: chiP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0RVU0
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 830.786 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 28% (w/v) PEG 400, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→125.35 Å / Num. obs: 56059 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.68 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rpim(I) all: 0.699 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MDO

5mdo


解像度: 2.6→125.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 29.25 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24749 1652 2.9 %RANDOM
Rwork0.22126 ---
obs0.22201 54404 93.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3 Å20 Å2-1.36 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→125.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7995 0 171 0 8166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.028382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0851.94911379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.038316623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.72151020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63424.834453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.183151203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1621539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9622.2544089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9622.2544088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5783.3785106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5783.3785107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7512.654293
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7522.6524294
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6993.9396274
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.82326.739160
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.82526.7449161
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A220640.03
12B220640.03
21A221140.02
22C221140.02
31B221400.02
32C221400.02
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 117 -
Rwork0.369 4059 -
obs--94.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9680.0330.03082.1535-0.26011.29530.0415-0.1129-0.17760.1474-0.0914-0.19340.11880.29550.04980.06580.0347-0.14250.16190.00240.820298.7438-7.705726.0954
25.63885.4723-0.31816.26385.83053.4684-0.00580.03070.1050.467-0.31260.58910.2697-0.23990.31840.46540.0129-0.06520.5889-0.00280.543119.5035-1.621337.2143
31.358-0.4234-0.10071.43020.17551.29910.01030.1803-0.0303-0.1097-0.0582-0.1423-0.03450.44710.0480.0723-0.04-0.12130.3589-0.00510.8959110.52532.262218.5563
41.91290.2756-0.08892.10850.221.5646-0.0026-0.065-0.13010.3092-0.09170.16060.1725-0.16220.09430.1457-0.0543-0.06370.0310.00090.822665.4591-11.73626.1514
55.2463-6.62323.763116.0255-3.00333.1026-0.00720.18240.0148-0.0388-0.01060.0229-0.01590.23470.01780.5704-0.0508-0.00370.6410.11070.604560.4352-32.758237.4321
62.74250.36441.10360.89520.05293.5798-0.00250.1267-0.2972-0.0782-0.0408-0.05260.6134-0.13410.04320.3801-0.0716-0.05070.0288-0.03880.785368.2539-26.988718.7816
71.9806-0.17310.2462.06040.03321.1506-0.0078-0.09170.21340.2094-0.0330.0969-0.2110.00640.04070.18640.0059-0.06660.0073-0.00220.794178.631519.132925.9958
816.07913.7796-5.40033.8855-5.60568.0931-0.5033-0.1285-1.01320.08810.0953-0.2877-0.0869-0.17260.4080.6033-0.0230.07370.4797-0.09830.663463.084134.085537.1231
91.10360.2935-0.49552.6187-0.52142.2290.0780.15480.1841-0.0491-0.09620.2327-0.3735-0.24630.01820.18940.1264-0.08890.10110.00590.871364.052424.256718.5336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 225
2X-RAY DIFFRACTION2A226 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3A231 - 350
4X-RAY DIFFRACTION4B10 - 225
5X-RAY DIFFRACTION5B226 - 230
6X-RAY DIFFRACTION6B231 - 350
7X-RAY DIFFRACTION7C10 - 225
8X-RAY DIFFRACTION8C226 - 230
9X-RAY DIFFRACTION9C231 - 350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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