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- PDB-5mc4: Crystal Structure of Gly448Arg mutant of Human Prolidase with Mn ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5mc4 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Gly448Arg mutant of Human Prolidase with Mn ions and GlyPro ligand | ||||||
![]() | Xaa-Pro dipeptidase | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() Xaa-Pro dipeptidase / ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilk, P. / Mueller, U. / Dobbek, H. / Weiss, M.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for prolidase deficiency disease mechanisms. Authors: Wilk, P. / Uehlein, M. / Piwowarczyk, R. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 392.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 322.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5mbyC ![]() 5mbzC ![]() 5mc0C ![]() 5mc1C ![]() 5mc2C ![]() 5mc3C ![]() 5mc5C ![]() 6h2pC ![]() 6h2qC ![]() 5m4jS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 53654.949 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G448R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 656 molecules ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/OH.gif)
![](data/chem/img/GLY.gif)
![](data/chem/img/PRO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OH.gif)
![](data/chem/img/GLY.gif)
![](data/chem/img/PRO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ![]() #5: Chemical | ![]() #6: Chemical | ![]() #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.06 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: 10mM NaBorate, 690-760mM NaCitrate / PH range: 7.6-8.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 22, 2015 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Monochromator Si-11 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.799→47.971 Å / Num. obs: 109217 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.82 % / Biso Wilson estimate: 26.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 18.66 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.91 Å / Redundancy: 6.88 % / Rmerge(I) obs: 1.108 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / % possible all: 99.3 |
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5M4J Resolution: 1.8→47.97 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.9
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→47.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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