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万見
- PDB-5map: X-ray generated oxyferrous complex of DtpA from Streptomyces lividans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5map
タイトルX-ray generated oxyferrous complex of DtpA from Streptomyces lividans
要素DtpA
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / peroxidase radiolysis oxygen dye-type
機能・相同性
機能・相同性情報


iron import into cell / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Deferrochelatase / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Deferrochelatase/peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans TK24 (スナパリシン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Moreno Chicano, T. / Chaplin, A.K. / Worrall, J.A.R. / Strange, R.W. / Hough, M.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Leverhulme TrustRPG-2014-355 英国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2017
タイトル: Photoreduction and validation of haem-ligand intermediate states in protein crystals by in situ single-crystal spectroscopy and diffraction.
著者: Kekilli, D. / Moreno-Chicano, T. / Chaplin, A.K. / Horrell, S. / Dworkowski, F.S.N. / Worrall, J.A.R. / Strange, R.W. / Hough, M.A.
履歴
登録2016年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / refine_ls_shell / Item: _refine_ls_shell.pdbx_refine_id
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DtpA
B: DtpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3466
ポリマ－81,0492
非ポリマー1,2974
水10,557586
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area27990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.786, 70.627, 77.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DtpA


分子量: 40524.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans TK24 (スナパリシン)
遺伝子: SLIV_18505 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076MAJ9
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Crystals were grown by the vapour diffusion hanging drop method using a ferric protein solution at 13 mg/ml equilibrated against a reservoir consisting of 17-24% PEG 3000 and 50-100 mM sodium citrate, pH 5.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→40 Å / Num. obs: 103431 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.912 / Num. measured obs: 7839 / CC1/2: 0.509 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
Aimless0.5.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GRC

4grc


解像度: 1.49→40 Å / SU B: 2.326 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 4984 4.8 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 98393 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20.17 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.49→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5602 0 90 586 6278
LS精密化 シェル最高解像度: 1.49 Å / Rfactor Rfree: 0.293 / Rfactor Rwork: 0.279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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